公元前352年，秦孝公任卫鞅为“大良造”，此为秦爵第十六级，相当于丞相兼将军。随即卫鞅又开始了第二次变法，进一步在经济上和政治上进行改革。其内容主要有：
1. 废井田，开阡陌，承认土地私有卫鞅下令废除了西周以来盛行的土地制度——井田制，开掘井田的“都疆阡陌”。所谓“都疆”，就是指各级贵族所占有的井田界限，这些界限是用土堆、沟地、树木等连接而成的。所谓“阡陌”，就是井田中间与灌溉渠道相应的纵横道路。同时，允许地主和自耕农占有土地，允许土地买卖，按土地多少抽税。
2. 普遍推行县制，设置县一级的官僚机构卫鞅将许多乡、邑、聚（村落）合并为县，建置341个县，并设了县令、县丞和县尉。县令是一县之长，县丞掌管民政，县尉掌管军事。他们都由国君直接任免。此举将全国的政权、兵权都集中到了朝廷，建立起中央集权的政治体制。
3. 统一度量衡，颁布标准器
卫鞅制造了统一的标准量衡器，发至全国各地，标准尺约合今0.23米，标准升约合今0.2千克。
4. 按户按人口征赋
卫鞅规定按人口征赋，并严惩隐瞒户口的“匿户”，以限制官僚地主豢养食客的数目。
同时又规定，一家有两个成年男子的必须分家另立户口，否则要加倍征赋。这是为了确立和鼓励一夫一妇为单位的个体小家庭经济，加快开垦荒地，扩大农业生产，提高劳动效益，并增加国家的赋税收入。从此以后，“田租”（土地税）和“户赋”（人头税）就成为中国古代社会两种重要的赋税制度。
5. 革除残留的戎、狄风俗，禁止父子兄弟同室居住秦国的西南和西北部原是少数民族居住区，后来秦又统一了其中不少地方，因而秦人保留了较多戎、狄族的风俗。卫鞅认为这些落后的习俗对统一中原极为不利，便提出移风易俗，按照中原的风俗改革秦国落后的习俗，如全家人不分男女老幼同居一室等。