诸葛亮在辅政后做的第一件大事就是恢复了和东吴的联盟。刘备东征孙权的失败，不但使蜀汉的军事力量大为削弱，而且导致了内部政权的不稳。诸葛亮为了稳定政局，发展生产力，恢复经济，从而能够全力对抗曹魏，于是于公元223年派邓芝出使东吴。双方经过艰苦的谈判，最后孙权断绝了同曹魏的关系，重新又和蜀汉结成联盟。自此，吴、蜀双方使臣又开始往来不断，蜀汉也减轻了东顾之忧。外交上的成功，为诸葛亮集中力量整顿内政、平定南中叛乱，提供了有利条件。
公元225年三月，诸葛亮亲率大军南征平叛。蜀汉的南部地区，包括今天的四川南部和云南、贵州，当时历史上通称为南中地区，当时这里居住着一些被称为“西南夷”的少数民族。诸葛亮在《隆中对》中就曾设想“南抚夷越”，把这里建设成为刘备集团的大后方。刘备占领益州后，诸葛亮选派善于处理民族关系的安远将军邓芳治理南中地区，取得了较好的成绩。刘备东征失败后，南中四郡除永昌外，相继发生了叛乱。诸葛亮考虑到刘备刚刚去世，内部还没有稳定下来，对南中的叛乱分子采取了暂时克制的态度。吴蜀联盟的恢复，内部政局的稳定，使平息叛乱的时机成熟起来。于是诸葛亮进军南中，一路上势如破竹，很快就打到了叛乱的中心——益州。当诸葛亮的军队到达益州时，叛军内部发生了分裂，雍闿被杀，当地少数民族首领孟获代替雍闿成为头领，继续与蜀军对抗。孟获勇猛顽强，在当地少数民族中威信很高。当蜀军即将与孟获交战时，诸葛亮却突然下令，对孟获只能生擒，不许伤害。原来诸葛亮觉得，南中地区地势偏远，民族成分比较混杂，如果一味以武力镇压的话，终究不是办法，而且会拖累自己的北伐大计。为了给蜀汉留下个稳定的大后方，他决定实行“攻心”战术，而且准备先从孟获入手，改变过去南中地区经常叛乱的局面，以便治理好南中。果然，经过一场激战，孟获兵败被俘，事后诸葛亮命令军队摆开阵势，让孟获观看，以便观察孟获的态度。诸葛亮一面陪着观看，一面故意问孟获：“你看，这样威猛的军队你能打得赢吗？”孟获很不服气地说：“先前我是不知道虚实，所以被你用计打败。如果再给我一次机会的话，我一定能够打败你们。”诸葛亮听了他的话，笑了笑，很爽快地命人把他放了回去，还让他整军再战。孟获回去后集合好部众后，果然又来交战，但又战败被捉。诸葛亮见他还不服气，又放走了他。