在元代这个多民族的帝国里，元朝政府对宗教信仰采取了宽容政策。
无论信仰什么宗教，只要不影响蒙古人的统治及尊严，就不会受到太多的限制。
蒙古统治者最先接受的是佛教中的禅宗思想。1214年，蒙古军攻克金人宁远城时，只有13岁的禅僧海云见到了成吉思汗。1219年，成吉思汗传诏，命海云和他的老师中观一起管理汉地僧人，并免去了僧人的差役。
1242年，海云又北上觐见了忽必烈，并在讲解佛法的同时，将刘秉中介绍给了他。蒙哥汗时期，吐蕃佛教（即喇嘛教）亦开始进入蒙古宫廷。后来，由于受到帝师八思巴的影响，在元朝佛教各派中，吐蕃佛教在朝廷的地位最高，而就全国而言，最为流行的则是禅宗。同时，从佛教派生的白云宗，即“白莲教”，在南方也拥有了越来越多的徒众，到元末竟成了农民起义军最初的主要力量。
道教在元代也比较盛行。元朝时期，在北方活动的道教，主要是太一、大道、全真三派及浑元教。在这些教派中以全真对蒙古统治者的影响最深。
全真教由道士王重阳创建，教义主旨在于宣扬儒、释、道三家合一，兼而修之，故号全真。因在金末元初，全真派掌教丘处机西行觐见成吉思汗的关系，全真教在蒙古帝国时期前期的三四十年内，成为北方道教的主要势力，形成了一门独尊的势头。后来在蒙哥在位时期，佛教与道教为谁是正宗的问题发生争论，全真教在两次佛道辩论中都失败，结果使道教的地位降至佛教之下，也改变了全真教在北方道教诸派中一门独尊的局面。但贯穿元朝始终，南方主要是太一、大道这些自宋以来就进行传播的宗教，而北方道教依旧是全真为尊。
伊斯兰教早在唐代就已经传入我国。元代一般称伊斯兰教徒为回回人，“回回”一名是“回纥”的谐音。元朝境内的回回人主要来源于蒙古西征时从中亚、波斯和大食俘掠来的人口或当时投降依附蒙古的官员将领，当然也有相当部分的商人。回回构成了色目人中的绝大部分，政治上很受蒙古统治者信任，不少人在中央衙门或地方官府担任要职，如元朝的著名能臣赛典赤就是回回人。