弘光政权被消灭后，东南沿海地区的抗清斗争还在继续。1645年6月，由明朝的遗臣黄道州、郑芝龙另立了朱聿键为皇帝，并在福州即位，
历史上称他为隆武帝。
黄道州虽然真心抗清，但无奈兵权却掌握在郑芝龙手中。郑芝龙只想保存实力，不肯真正出兵抗清。后来清军进攻福建时，郑芝龙受清朝高官厚禄的引诱就投降了。这样，隆武政权也就灭亡了。
郑芝龙虽然没有气节，但他的儿子郑成功却和他相反，几次拒绝清军的引诱，决心抗清，并和他父亲断了父子之情。
郑芝龙降清时，郑成功才22岁，是个青年将领。郑成功苦苦劝阻他父亲降清无效，便气愤地单独跑到南澳岛，招募了几千人马，举起了抗
清大旗。
郑成功兵力逐渐发展强大起来，在厦门建立了一支水师。1647年，桂王永历政权建立，郑成功改奉永历年号，被封为威远侯。从此，郑成功与西南的抗清将领李定固往来呼应，成为南方抗清斗争的两大支柱。
郑成功在抗清斗争中十分注意根据地的建设，他改厦门（明代称为中左所）为思明州，设立六官分理庶政，并将全部军队分为71镇。在郑成功起兵抗清的十几年中，曾先后九次南征，三次北伐。其兵锋所指，清军闻
风丧胆。
1659年，为配合西南的抗清斗争，郑成功再次北伐，他和抗清将领张煌言联合起来，乘海船率领水军17万人开进长江，分水陆两路进攻南京，一直打到南京城下，但清军用假投降的手段欺骗了他。郑成功中了清军的计，最后打了败仗，退回厦门。而这时，清军已占领福建大部分地方，他们用严密封锁的办法，要福建、广东沿海百姓后撤40里，以断绝对郑成功的粮草供应，以图困死郑成功。郑成功无论在哪里招兵筹饷，都遇到了困