在搞定了中央级别的官员后，朱元璋和吴庸开始把目光瞄准地方，布政使司——全国12个布政使司，在劫难逃。
郭桓案结束后不久，朱元璋向全国发布《大诰》。在《大诰》中，朱元璋把他的想法说给了天下人听：英明的君主在惩治贪污腐败案时，必然追求除恶务尽，也就是要寻找到贪污腐败的源头。郭桓案是贪污受贿，那就必须追查到赃款的来龙去脉。从中央六部长官到各布政使司的长官(布政使)，再到各府的长官(知府)，再到各州的长官(知州)，再到各县的长官(知县)，再到属民，只有这样一路追查下去，才能找到腐败的源头，才能从根子上斩断腐败，让滋生腐败的土壤不再出现。腐败的人固然可恨，但行贿的人更可恨，所以都要一视同仁：杀。
吴庸担任追赃小组组长，从六部长官开始，一直追查到地方布政使，布政使司只好按照吴庸提供的数字拿出钱来。但不是每个布政使都有钱，所以布政使又去其所管辖的知府那里要钱，知府就去知州那里要钱，知州又去知县那里要钱，知县只好搜刮百姓，可百姓也没有钱，而且该交的税粮都已经交完了，凭什么又让他们交？于是，百姓开始暴动。
吴庸一看形势马上就要不受控制，急忙改变了策略，不允许知县搜刮百姓，而是去搜刮当地的富户。因为很少有富户不给知县行贿的，所以他们此时也是有口难辩，只好咬着牙砸锅卖铁给上面送钱，希望能渡过这个难关。
在经过了两个多月的“追赃”后，大明帝国境内大部分富户全部破产。但他们最多只是破产而已，并未失去性命；那些官员可就倒霉了，好不容易把吴庸索要的钱物送上来，却还是被吴庸缉拿归案。
朱元璋对吴庸下令：“凡是官员，一经查实和郭桓案有关，立即处决。”