李善长案爆发后不久，朱元璋把案犯的狱词编成了《昭示奸党录》，除了里面的人名是真实的外，其他内容纯属虚构，其虚假程度简直像是三流小说家编出来的。朱元璋出版这样的一本书，只有一个目的，那就是警示那些还活着的文武百官：胡惟庸、李善长之流是死有余辜，不值得同情；你们这群狗官千万要小心，就连李善长和胡惟庸这样谨小慎微的奸臣都落网了，更何况你们。
李善长案牵连的无辜太多，光被杀的就有万余人，朱标看在眼里，心中对老爹的这种做法很是不满。
为此他不止一次和朱元璋爆发了争吵。不但如此，他还做了一件错事：他聚集起那些还活着的臣子，商讨如何避免以后再发生这样的惨案。
朱元璋对此自然是一清二楚。他问朱标：“听说你最近和大臣们走得很近？”
朱标回答：“那些人也是我东宫的大臣啊。”
朱元璋鼓起眼睛，下巴突然向前探出，扯开嗓门吼道：“他们现在还都是我的臣!”
朱标身子一个激灵，他看着老爹的怒容，感觉再也回不到从前和老爹玩“你追我跑”游戏的时光了。他安静了下来，回想着各种和老爹相处的往事，一切都那么空幻，如同镜花水月。
失去了父亲的偏爱后，朱标总会想起老妈马皇后。马皇后对他的影响无疑是很深的，这种影响导致他做不到如老爹那样冷酷无情，玩弄臣子就如玩弄自己的毛发一般。
夜深人静时，朱标由于身体过于肥胖而喘着粗气，他的心情失落到了极点，据他安插在父亲身边的太监们透露消息说，皇上每次提起他，总是唉声叹气。
朱标从未考证过这些消息的真假，其实真假已经不重要了——他渐渐得了抑郁症，身体情况也大不如前。1391年，朱元璋突然召见他，派给他一个艰巨的任务：巡抚西安。