同治十年，船政局经费已经十分紧张，到了年底，几乎到了揭不到锅的地步。经费紧张，一方面是当初为了获得朝廷支持，左宗棠有意少报费用，根本原因则是规模比计划扩大，开支自然浩繁。
就工厂而言，原计划是铸铁厂、打铁厂、模子厂、水缸厂、轮机厂共五个。可是实际上新增了拉铁厂、锤铁厂、钟表厂、帆缆厂、火砖厂、舢板厂等六个。而且打铁、轮机、钟表又各有分厂，实际建成的厂子有十四个，且缺一不可。就学堂而言，原来本计划建前后两个学堂，前学堂学制造，后学堂学驾驶。可是后来发现，要真正自驾自造，仅有两学堂很难胜任，为了培养设计制造能力，添设绘事院，专门学习制图；为了增强动手能力，又专门开了艺圃，招收年轻学徒学习。工厂增加机器必然增加，中外工匠必然也要增加，学堂规模扩大，艺童和老师也必然要增加。原来计划洋人用三十八人，实际五十余人；原计划学堂六十人，现在艺堂加艺徒有三百余人。此外，朝廷及地方大员都向船政荐人，沈葆桢无论如何抵制，各类委员一增再增，吃闲饭生闲事，让他苦不堪言，还无法在奏折中明言。
还有一项支出，非常浩繁，从前无论如何没想到：造出的船全由船政局养护维持。如今船正局已经造成的船有五艘，将要下水的还有两艘。但大清并未建海军，所以船政局每造出一艘船，立即会增加一笔费用。每艘兵轮大者兵夫一百四五十人，少者七八十人，俸银再加维护，“扬武”每月三千二百两，“万年青”“飞云”每月两千一百余两，“建威”练船每月一千四百余两，“镇海”每月六百四十余两。养这五艘船，每月便需银九千五百余两，还未算煤炭、修理费用。一项项算下来，每月缺口两万余两。