按御前会议的结果，军机处给曾国藩及沿海督抚一份廷寄，内容自然是指授方略，除要求战备外，还指示：“洋人诡谲成性，得寸进尺，若事事遂其所求，将来何所底止？是欲弭衅而仍不免启衅也。此后如洋人仍有要挟，恫吓之语，曾国藩务当力持正论，据理驳斥，庶可以折敌焰而张国威。总之和局固宜保全，民心尤不可失。曾国藩总当体察人情向背，全局通筹。”
这份廷寄其实照顾了主战清流的情绪，听上去好像朝廷一力主战，是曾国藩“事事遂其所求”，太过软弱。其实朝廷的真实意思仍然是求和，但是不肯去背软弱的骂名，和局固宜保全，民心尤不可失，依然把难题推给了曾国藩。
除了这份廷寄，内阁则明发了一份上谕，是按曾国藩所请将他的奏折明发天下。但明发的内容只是部分摘抄，大家看到的是曾国藩为洋人喊冤，认为洋人是文明国家，不可能干挖眼剖心的恶行。而他是如何得出这番结论的原因，却只有只言片语。因此，看到上谕的人无不认为曾国藩是被洋人买通了，做了可耻的汉奸。
京中清流最先得到消息，无不痛骂曾国藩枉为国家柱石。他的同年、同乡纷纷写信，客气地表示惋惜，不客气的满纸责问。向以曾国藩为骄傲的湖南同乡更是深以为耻，竟把湖南会馆中曾国藩所题匾额烧毁。
最让曾国藩尴尬的是，朝廷已旨准将知府张光藻、知县刘杰交部议罪，但刑部却不肯接收。他们的理由也冠冕堂皇，说如果把两人押解进京，法国公使罗叔亚则非要来听审，实在有失朝廷颜面。因此，府县官员不能押解进京，而是在天津就审。上谕说——
曾国藩等应于张光藻等抵津后，先后取具亲供，照会罗叔亚。如罗叔亚仍自狡执，自应询问该使府县帮同主使究竟有何证据，即得之传闻，亦应将闻自何人确凿指出，再行当堂质讯以昭核实。若以游移无据之词，欲将该府县正法，断不能如此办理也。张光藻等既在天津传质，罗叔亚自亦应在津。如罗叔亚进京更无转圜地步，曾国藩等谅亦统筹全局，熟计深思。将此由六百里密谕知之。