因为京城电报不通，身在上海的李鸿章比朝廷的节奏总是慢半拍。他收到朝廷任命他为全权大臣的上谕时，已经是七天之后，而此时，正是慈禧逃出北京的日子。
但李鸿章并不知道京城已经失守，他请袁世凯转奏，增派庆亲王、荣禄、刘坤一、张之洞为全权大臣。议和是挨骂的差使，不能只让他李鸿章来担。然后再电告护理直隶总督、直隶布政使廷雍，通饬文武官吏不准擅离职守，土匪溃兵生事以军法从事，各军约束队伍，静候调遣，团民兹事者一律痛剿。
五天后李鸿章才得到京城已经失守的确信，随后他联合刘坤一、张之洞，先后向朝廷上了《时局变迁急求补救折》《大局急宜挽救不可再失事机折》，要求朝廷明降谕旨，声明拳匪罪恶，并令各直省将军督抚，遇有拳匪滋生事端，尽力痛剿，以靖地方，而快人心。又在附片中要求朝廷下罪己诏。
八月十五日正是中秋节，李鸿章收到了由行在发来的上谕，不但完全同意李鸿章等人的建议，而且对李鸿章赞赏、劝慰有加：
谕军机大臣、电寄李鸿章等：李鸿章、刘坤一、张之洞等会奏摺片，暨李鸿章初九日电奏，同日览悉。七月二十一日之变，罪在朕躬，悔何可及。该大学士等与国同休戚，力图挽救，宗社有灵，实深鉴之。所陈各节，悉系目前最要机宜。庆亲王奕劻，计初十日可以到京，本日复有旨加派荣禄会同办理。该大学士应即借乘俄舰，驶赴天津，先行接印。仍即日进京会商各使，迅速开议。至罪己之诏，业于七月二十六日明降谕旨，播告天下，该大学士此时当已接到。自行剿匪一节，该大学士未到任以前，已责成廷雍认真办理，本日亦有明发谕旨矣。其余皆当照请施行。唯事有次第，不得不略分先后耳。朕恭奉慈舆，一路安善，现距太原两站，驻跸久暂俟抵太原后，体察情形，再定进止。此次变起仓猝，该大学士此行，不特安危系之，抑且存亡系之。旋乾转坤，匪异人任，勉为其难，所厚望焉！仍着端方转电李鸿章等知之。