同治元年初，席宝田率领湘军进攻湖北来凤，大败太平军，收复来凤。刘岳昭驻军施南，听说席宝田在来凤大捷，认为自己有合击之功，请官文上奏为自己请赏。
湖南布政使恽世临稽查军需收支账目，发现有几百万两银子的出入，于是扣留全部制造工匠，准备进一步扣留军需局的官员，追问侵占之罪。恽世临也不通过湖南巡抚毛鸿宾，向朝廷上奏罢免军需局局长王加敏，并将其逮捕入狱，严加审讯。
贵州苗民、教匪起事，湖南援军出铜仁。
朝廷任命田兴恕为钦差大臣，专门治军贵州，镇压苗民、教匪起义。田兴恕督促湖南出粮饷支援贵州，毛鸿宾向朝廷上奏停止湖南协饷贵州。朝廷同意，没过多久，田兴恕被罢官。
同治三年，贵州苗兵攻陷了开州、修文，贵阳戒严。此时张亮基担任贵州巡抚，将贵州东部的军事全部委托给湖南。
湘军收复古州（今贵州榕江），复向西进军，攻打都江（今贵州三都县）。台拱（今贵州台江县）、清江（今贵州剑河县）的苗兵聚结在一起，高垒深沟，凭险固守。湘军绕过了台拱、清江两地，向贵州腹地迂回。苗兵见湘军不敢进攻，以为湘军胆怯。
援贵州的湘军将领之间彼此猜忌，故而湘军支援贵州，与支援江西、广东的兵力相比，实力悬殊，而且劳神费力，还旷日持久。
天柱、玉屏先后落入苗兵之手，苗兵进攻湖南沅州（今湖南芷江），在芷江、靖州一带抢劫，周边几个县均遭洗劫。
十二月，湘军收复玉屏，并征调各路人马驻守沅州、晃州（今湖南新晃）。湘军开始整军，恽世临又向朝廷上奏，起用赵焕联到湘西治军。
中西通商之后，法国请清廷归还天主教在各地的教堂。湖南衡阳、湘潭都接到朝廷文告，要清退天主教堂土地，任其自行修建。