光绪八年正月二十五日，按照左宗棠的部署，金顺派参赞大臣升泰前去接收伊犁。
左宗棠知道朝廷边患之大，莫过于新疆。新疆地广人稀，防务空虚。沙俄觊觎西北，步步为营。左宗棠奏请朝廷设置新疆省，朝廷同意。
新疆建省，朝廷任命刘锦棠为首任新疆巡抚，刘锦棠成为收复新疆的大功臣，加兵部尚书衔，仍担任钦差之职。左宗棠将湘军留在新疆屯田，又招募内地百姓到新疆屯垦。
新疆初复，刘锦棠马上设立善后局，召集流民修复渠道、坎儿井，发给他们种子，恢复农业生产，新疆的经济慢慢恢复，社会秩序也日趋安定。
却说漏网之鱼伯克胡里、白彦虎逃入俄国以后，经常派兵骚扰新疆。
白彦虎派心腹金山率领五百人马从阿克苏西边入侵，刘锦棠率精兵一千两百人，从喀什噶尔出发，全歼该部，活捉金山。
伯克胡里又派亲信阿里达什率四百八十人从喀什西部入侵，刘锦棠率领两千人马，在布鲁特人的帮助下全歼该敌，打死阿里达什。
原阿古柏部将艾克木汗联合布鲁特头人阿布都勒哈玛，率两千三百人进入博斯塘特勒克。刘锦棠出动四千湘军，在博斯塘特勒克山谷设伏，歼敌两千，艾克木汗、阿布都勒哈玛在一百多名骑兵的保护下逃往俄国。
过了半年，艾克木汗、阿布都勒哈玛又率领两千人马进攻乌什恰提卡伦，夺取了塔什库尔干塔吉克县城。刘锦棠出英吉沙尔，袭击塔什库尔干塔吉克县城，艾克木汗大惊失色，仓皇出逃。湘军四天四夜追敌八百里，越过千年冰川，在卡拉塔什达坂追上敌人，艾克木汗、阿布都勒哈玛全军覆没。
从此以后，伯克胡里、白彦虎再也不敢踏入新疆半步。
刘锦棠对当官不感兴趣，收复伊犁以后，他向朝廷上奏折说年老多病，膝下无人照顾，长年征战，自己腿脚受伤，不能走路，向朝廷辞去所有官职，回湖南老家种田。朝廷同意。