南京城依山傍水修建，东北有钟山，西北临长江，南边有秦淮河环绕，北边有玄武湖阻绝。山水浑然一体，雄伟壮丽，气势磅礴，有“钟山龙蟠，石城虎踞”之称。
南京城周长三十七公里，平均高度约十四米，城基全部是花岗石，上面都是城砖。这些砖由江南二十八府一百一十八州县按规格烧制，有中华门、水西门、汉西门、光华门、通济门、太平门、和平门、金川门、新化门、中山门、清凉门、定淮门、兴中门十三座城门。其中中华门最为雄伟壮观，前临长干桥，后通镇淮桥，三道瓮城环绕，四座拱门相连，各门均有千斤闸和双杠木门。
南京城第一道瓮城上面立有旗杆，杏黄旗上飘扬着斗大的“太平天国”四个大字，十里之外可以望见。
同治元年五月十五日，曾国荃率水陆两万人马，曾贞幹统兵一万五千人马进驻金陵城外雨花台，开始围攻南京。
曾国藩建议曾国荃说：“湘军孤悬雨花台，进不能攻，退不能守，不如退兵。”
曾国荃并不同意大哥观点，说：“湘军自兴兵之日起，人人以攻克南京为目标，今天不乘胜进抵金陵，与军不利。今逼近金陵，屯驻雨花台，也足以牵制长毛，我军人数不多，虽然形势危急，但也没有其他万全之策。”
曾国藩与左宗棠交换意见。左宗棠认为可以在雨花台屯军，伺机进攻金陵，湘军围攻南京的作战方略被确定下来。
湘军进抵雨花台之初，太平军抄了湘军的后路，断了湘军的粮道、邮路，曾国荃内外信息不通，湘军将士一片哗然，前景堪忧。
为了配合曾国荃夺取南京，鲍超奉命与彭玉麟协同作战，在江北进攻南京。
至此，曾国藩统兵十万，左宗棠、李鸿章各率军数万，加上湖北、江西的湘军，人数已经达到三十万。其余分布在贵州、广西、陕西、山东又有数万之众。曾国藩殚精竭虑，日夜在案桌前徘徊，与下属一起研究如何攻取金陵。