话说蓝大顺到达宝鸡，不想继续西行，决定“明修栈道，暗度陈仓”。他自己率军沿汉江悄悄东下，蓝二顺、蓝三顺、蓝九顺进攻镇安、山阳、离南，起义军步骑沿着大路东下，十日不绝。
朝廷廷议时，不少大臣认为陕西巡抚瑛棨办事拖拖拉拉，让起义军在三秦任意妄为，治军治民无方，不能胜任。
朝廷下诏询问四川总督骆秉章何人可以担任陕西巡抚。骆秉章回答说刘蓉才能出众，可以胜任陕西巡抚。
刘蓉越三级提拔使用，被朝廷任命为陕西巡抚，一时舆论哗然。
同治三年，顺天府尹蒋龄向吏部递折，说刘蓉骤升陕西巡抚，不符合朝廷用人制度。
刘蓉获知后，向朝廷上奏折请求罢去官职。骆秉章也向朝廷上奏折，请刘蓉留任。
此时，钦差大臣、大将军多隆阿从安徽到陕西平定叛乱，走到河南染病，不能西进。伊犁将军李云麟的母亲去世，丁忧回家，骆秉章奏荐刘蓉代领其军。
朝廷下诏，让四川总督骆秉章派一支军队给刘蓉率领，增援汉南。
七月，刘蓉命令支援陕西的朱南桂、何胜必、萧庆高等率一万三千人出兵汉中。
汉中是陕西重地，川中蓝大顺、李短搭的部队与陈玉成的余部会师以后，又与当地盗匪一起，围住汉中，日夜攻打，又在城外四处修筑营寨围困汉中。
汉中知府胡世恭、道台王象臣先后病死，汉中城中官员还有都司张学烈、总兵郎天祚、南都县令李师孟等数人，这些官员相互猜忌，不能在一起共事。城外许多人为了躲避战乱，进城躲避，汉中城内粮食短缺，瘟疫又起，每天死亡数百人。
四川、湖北支援汉中的两支人马先后染上瘟疫，所部将领都十分后悔进入汉中，相互指责对方。
汉中守军频频出战，援军已到城外，不能组织有效进攻，大家都在等待新任巡抚刘蓉前来统帅三军。