八月三十日，曾国藩接到朝廷调他回南京继续担任两江总督的圣旨，急忙召见丁日昌，然后令其迅速南下，去见江宁将军魁玉，将马新贻的案情一日一报。
丁日昌不敢在天津久留，即日南下。曾国藩此时正被天津教案纠缠得脱不开身，朝廷让他离开天津这个是非之地，哪知他接圣旨时不喜反忧，两只手不停地打战。赵烈文都看出了端倪，劝曾国藩给朝廷上一道谢恩折，要求辞去两江总督职务，说自己六十岁了，身体不好，难堪大任。
慈禧心里明白，曾国藩还是在争面子，不允许他辞职，让他马上到北京晋见。曾国藩无奈，在天津跟李鸿章交接了总督印信，启程赴京。
曾国藩进京后，两湖同乡在湖广会馆内为曾国藩设宴洗尘，并将清朝湖广省大学士的生平事迹全部介绍在墙上。曾国藩从康熙朝的首任大学士余国柱看起，到自己这一任已经有十余位了。他唏嘘不已，回想当年湖南三元及第，自己张罗场面时风风火火，感叹时光过得真快，一转眼三十年就这么过去了。
酒宴结束，曾国藩回到法源寺住处，军机处奉旨送来勋高柱石匾额一块，福、寿两个字，蟒袍一件，玉如意一柄，绸缎十匹。并告诉曾国藩这块匾和两个字是十六岁的圣上亲手所书，御赐给大臣还是第一次。曾国藩口谢皇恩，内心却静如止水、波澜不惊。
九月二十六日，两宫皇太后、皇上在养心殿召见了曾国藩，慈禧问曾国藩的身体状况。
曾国藩实话实说：“臣右眼视力模糊，已经看不清楚了。”
慈禧停了一下，试探着问：“我看你精神还好嘛！”
曾国藩摇摇头，伤感地回答：“臣长期劳累，精神还没有恢复。”
慈禧心想你就装吧，嘴上却说：“马新贻这件事，真是奇怪了。”
曾国藩微微颔首，坦然回答说：“是有点奇怪。”