由于农业、手工业和交通运输业的发展，统一的货币在全国流通，元代的商业也很活跃。但国内外贸易主要控制在政府和贵族、官僚、色目商人手里。
元时在全国范围内使用了纸币。全国货币实现统一，促进了经济交流商业也很发展；但元朝统治者通过滥发纸币弥补财政赤字，对社会经济的发展又起着阻碍作用。
政府对国内许多商品采取专利垄断政策，其形式各不相同，部分金、银、铜、铁、盐等，由政府直接经营；茶、铝、锡和部分盐等，由政府卖给商人经销；部分金、银、铁等矿业，以及酒、醋、农具、竹木等，由商人、手工业主经营，政府抽分。天历年间，盐课钞年收入达766万一千余锭，约为全国财政收入之半。民间贸易收商税，大体三十取一。
至元十四年（1277年），元开始在各口岸设立市舶司经营海外贸易。市舶司初建时，仍遁南宋旧制治事，其间奸弊丛生。市舶官吏贪赃枉法，直接影响了国家的市舶收入。至元二十八年（1291年），元朝政府着手制定市舶法则，两年后颁布“整治市舶勾当”。延祐元年（1314年），又颁布了新的市舶法则二十二条。市舶法则对市舶司的职责做了明确规定，包括办理船舶出入港的手续、舶货的检验收存、舶货的抽分和纳税等等。市舶司由行省管辖、每司设提举两人。征收舶税和市舶抽分时，往往有行省高级官员前往督察。元朝政府原定市舶抽分额为舶货精品十中取一，一般舶货十五取一，后在抽分之外又规定了三十取一的舶税。
延祐元年（1314年），元朝政府提高抽分额，精品十中取二，一般舶货十五取二。市舶抽分和征收舶税，成为元朝政府的重要财源之一。因市舶法则较严密，抽分征税苛刻，所以舶商“漏舶”（不按规定交纳抽分和舶税）之弊十分严重，元朝政府曾一度禁止民间市舶，改为官府出资造船，以期垄断海外贸易，所得利润官府取七成，经办人取三成。但这种方法未能奏效，只好取消市舶之禁。当时与中国建立海道贸易关系的国家和地区数以百计，进口的舶货种类繁多。经市舶司允许出口的商品则主要是纺织品、陶瓷器等日常生活用品。