光绪二十七年（1901年）八月，骚乱一年多的北京城渐渐平静下来。西逃西安的慈禧太后、光绪皇帝，以及追随的荣禄等大臣们起程回銮。路上行程两个多月，阴历十一月进入紫禁城。
回到京城的慈禧似乎变了。从小处说，她入宫之后，马上追认被她戕害的珍妃为“贵妃”，难道是良心发现的悔悟？从大处讲，她力倡推行新政，政体的改革比之先前光绪的戊戌变法走得更远C是她恍然觉悟、顺应了世界潮流，由顽固派转变成改良派？慈禧唯一没变的是依然是握着皇权不撒手，一切由她说了算。
去年京城烽烟再起，慈禧身经国破流亡的沉重打击，她以光绪皇帝的名义连发两道“罪己诏”，进行了深刻的批评和自我批评，承认“负罪实甚”，感悟应以“取外国之长，乃补中国之短，惩前事之失，乃做后事之师”。落脚西安后，她好像痛定思痛，发上谕指令朝廷各级官员广开言路，“各举所知，各抒所见”，参照中外政治体制、国计民生、学校科举、军政财政，哪项该巩固，哪项该革除；如何使国家从此复兴等方方面面的问题，要求官员们限两个月内详细提出建议。其志之坚，其情之切，感觉此慈禧与前慈禧判若两人。孰知慈禧善变的本性，又因当时中外正议和，谁保证她是不是虚晃一枪、糊弄局呢？
1901年4月，慈禧遥控成立了新政“督办政务处”，由庆亲王奕劻、直隶总督李鸿章、大学士荣禄、昆冈、王文韶、户部尚书鹿传霖为督办政务大臣。两江总督刘坤一和湖广总督张之洞参与。回到京城之后，慈禧式的“变法维新”正式启动。
笼统地说，慈禧的新政是沿着戊戌变法的路子走下来的。科考废八股改考策论；停止考弓马举重的武科；仿造西学推行近代化教育，在各省设大学堂，各府设中学堂，各县设小学堂，最后彻底废除科举制度。其次裁撤了一些省，合并了一些中枢机构；改总理各国事务衙门为“外务部”，奕劻为首任总理大臣；留下了吏部和礼部，余下的户部、兵部、刑部、工部分别改为度支部、陆军部、法部和农工商部，又增设民政部、学部、邮传部。原来的理藩院改作理藩部，共为十一个部。