1856年9月初，天京发生了内讧。
据秦日纲麾下外国人肯能说，秦日纲从金坛回到天京，在城门外，遇见从江西赶来的韦昌辉。韦昌辉和他讲了奉洪秀全命赶回，他们在北王府聆听洪大驸马钟万信宣读的杀杨秀清密诏。
于是当夜，即9月2日深夜，两人带领人马杀进东王府，杀死东王杨秀清。
天京内讧爆发了，它延续了两个月，其中包括石达开返京，韦昌辉杀石达开不成害其全家，洪秀全杀韦昌辉、秦日纲和陈承控，石达开再次返京，因遭洪秀全猜忌出走安庆。
秦日纲站在韦昌辉一边，追随韦昌辉，还奉韦昌辉命带领人马追赶逃出天京的石达开。
可是，秦日纲带的人马是韦昌辉部队，他没有从句容丁角村调动原统率的李秀成、陈玉成等部人马。当然，他也调动、指挥不了这支太平军。
所有太平军，都是属于太平天国东王杨秀清指挥的。
秦日纲不仅无权调动、指挥，而且凭他那点儿德性，只能依附韦昌辉，为虎作低。追赶石达开，要置石达开于死地，那都是属于见不得人的丑事。由此即使参与杀杨秀清的佐天侯时为天京卫戍司令官的陈承控，也没有能要得句容丁村前线的陈玉成和陈仕章前来声援。须知陈玉成是亲侄，是他带同前来投奔金田起义的，陈仕章也是陈承控的本家兄弟。
太平天国领导集团的主要成员都先后参与了天京内讧，扮演了相互猜忌、残害的角色。
韦昌辉、秦日纲杀杨秀清，以及韦昌辉飞扬跋扈，一度控制太平朝时期，李秀成和陈玉成等仍在句容丁村，与丹阳江南大营残部和春、张国棵相持，都没有参与内讧。
李秀成后来在供词里写的，多是道听途说，只是因来自高层，也许还包括洪秀全的自圆其说，再凭自己所理解，糅合成篇：