攻破江南大营陈玉成部是立有首功、大功的，苏南地区攻取也是靠陈玉成和李秀成、李世贤齐心协力取得的。陈玉成当然要想在苏南有一席之地，李秀成却要把苏南打造为自己独家经营的管辖区。
太平天国倒退了。东王杨秀清时期的天京中央高度集权制，随着东王被杀、天京内讧，中央权力受到了削弱。到了后期，各个大小军事领袖在战争实践中都懂得有军才有权，有军才能不倒的道理，而拥有自己和自己家族固有的军队，必须要有供养军队的财赋、土地。
李秀成直隶的军队经过歼灭江南大营、东下苏常，沿途有了成倍的扩充。他拥有十余万人马。
李秀成的军队和陈玉成的军队，是同时进入苏州的，陈玉成的部将，还先后夺取丹阳、无锡、江阴、常熟等地。李秀成很讨厌陈玉成部将的介入，担心陈玉成会分尝杯羹。陈玉成部是当时太平天国中拥有老兄弟最多，装备最好，战斗力最强悍的一支大军。天京内讧后太平天国战胜敌人的重大战役如三河之战、攻破江北大营之战以及此次攻灭江南大营、东下苏常，都处处有他着力，且起了根本性的作用。可以说，没有陈玉成军队的全力以赴，李秀成仅以本部人马，是不可能占领苏南诸城的。以太平天国习惯的那种夺城占城法则，陈玉成要分占苏南大部分地区，至少是他的部将已所占领地区。他在天京、安庆都设有王府，为了进入苏南，名正言顺，又在常州、苏州建立英王府，发号施令，指挥所部将士。
李秀成以已度人，先作打算，在进入苏州后，就开始排挤陈玉成。他有意在本地民众散布陈玉成部队的暴虐、害民，而自己是仁慈、爱民。
1860年6月5日（四月十六日），李秀成在占领苏州的第四天，就别有用心地于苏州城乡，“四处贴出告示，略论：本月二十八日，英王将移兵本城，尔等善良之庶民，本无罪孽，若遭涂炭，事尤可哀。故此，自今日起至明晚止，应速散去，倘若迟滞，待英王兵至，忠王虽爱惜苍生，恐亦无能为力，等等。适大开苏州六门，放出百姓。盖闻此英王者，一向草菅人命，所到之处，不同男女老幼见则必杀，健壮之民，悉令从事。顺之者生，逆之者亡”（程家棠《避难纪略》）。