在文德尔班生活的时代，实证主义的精神深刻地影响着历史学的研究方法。对于实证主义者来说，历史的过程在性质上与自然的过程是一样的，自然科学的方法可以同样运用于历史领域。根据实证主义的历史研究方法，历史学家的第一个任务是确证事实，第二个任务是发现规律。在这种意义上，历史和自然一样，也能成为一门科学。在新康德主义历史哲学中，文德尔班第一个站出来反对这种历史研究方法。他从维护历史学的自主性出发，呼吁历史学家要按照自己的方式进行历史研究，不要受自然科学研究方式的限制和束缚。在文德尔班看来，只有从本质上区分开历史和自然科学，给自然科学和历史分别划定研究的对象和范围以及研究方法，才能从根本上使历史学摆脱自然科学的束缚，获得其独立性、自主性，这样才能使历史学具有科学的性质，历史才能作为一门科学而存在。
文德尔班认为，自然科学和历史学是两种性质不同的科学：对于自然科学来说，考察自然规律下的共相，讲的是永远如此的东西，是规律科学；对于历史学来说，考察历史规定形态下的殊相，讲的是一度如此的东西，是事件科学。因而，从根本上讲，自然科学是制定法则的，历史学则是描述特征的。文德尔班认为，这两类科学没有必要“燃起战火，彼此争夺着给予人类一般的世界观和人生观以决定性的影响”。[34]问题的关键不在于争论哪一类科学对于我们的认识的总目的更有价值，对于规律科学即自然科学来说，它提供我们实践的价值，可以使我们预见未来，以便使我们有目的地干预事物的进程。同样，人类一切有目的的活动也依靠历史认识的经验。强调了历史的重要性：“人是有历史的动物。认得文化生活是一种世代相承越积越厚的历史联系：谁要是想参加到这个联系中去通力协作，就必须对它的发展有所了解。只要这个线索一断，就必须——这是历史本身业已证明的——努力设法把它重新接上。不管在我们这个星球的外部构造中，还是在人类世界的内部结构中，只要发生了某种带根本性的事变，我们今天的文化就会烟消云散——我们可以断言，后代将会热心地去发掘它的遗迹，正如我们发掘古代的遗迹一样。就是由于这些道理，人类必须背起巨大的历史书包，当这个书包在时间历程中变得越来越重，令人感到背不动的时候，将来的人们不会没有办法慎重地在无伤宏旨的范围内把它减轻的。”[35]