《春秋董氏学》除“自序”外，正文共八卷，分别为：《春秋旨第一》《春秋例第二》《春秋礼第三》《春秋口说第四》《春秋改制第五》《春秋微言大义第六》（上、下）《传经表第七》《董子经说第八》。这八卷中，第一、第二、第三、第四、第五、第六各卷，都是康有为摘编董仲舒《春秋繁露》的内容，按照每卷的主题，加上小标题，适当加注按语，阐发他所认为的《春秋》大义。卷七是康有为弟子王觉任根据康有为《公羊》学术观和传承观编制的“传经表”，卷八是康有为对董仲舒《春秋繁露》若干内容与《六经》和《论语》等经典关系的点拨（指明出处），以及“训诂附”。卷一、卷二、卷三、卷四、卷五、卷六，在卷首都有导言，而且在诸多条目下有按语；卷七在卷首有导言，但作为正文的整个“传经表”内容没有按语；卷八没有前面七卷那样的卷首导言，而且按语极为简单，仅仅是对所编列的《春秋繁露》若干内容出处的点明而已。因此，整部《春秋董氏学》的重点，是在前六卷。
从结构的构思来看，康有为是颇费心思的。卷一谈《春秋》的宗旨，卷二谈《春秋》的范例（事例）、卷三谈《春秋》的礼义，这些都是有现存的文献做依据的。卷四谈所谓“口说”，亦即没有经典文献依据，但却认为是真正的孔子精神、真正的春秋大义的内容。大概由于是“口说”，本卷和卷一、卷二、卷三、卷五、卷六不同，没有小标题。由于没有小标题，在表象上似乎与卷七（“传经表”）和卷八（“董子经说”）相同，实则在内容和性质上有根本不同。这个不同，就是该卷（“口说”）是康有为公羊学思想的重要体现，有很多按语，很多“创见”。卷五谈改制，卷六谈微言大义。显然，由宗旨、事例、礼义，到“口说”（实是对《春秋》公羊学的微言大义的阐发），进而“改制”，最后以“微言大义”收束思想论述部分。继而，开列“传经表”以凸显董仲舒公羊学的传承谱系，实际上也是增强该书的权威性；最后，点明《春秋繁露》里面引证、援用的若干文献，是出自《六经》某部分，或者出自儒家某部其他经典，不仅彰显了董仲舒《春秋》公羊学的经典权威性，同时也展示了康有为自身的博学和论学的有据。整个思路，具有明显的逻辑性，可谓层层递进，环环相扣。