现代新儒家为了解决中国文化的古今存续、中西文化的冲突融会等问题，在正面阐发、弘扬和护持中国文化的精神价值和内在生命的同时，还对中西文化的优劣作了比较分析。
牟宗三认为，每一民族皆有其文化系统，“每一文化系统皆有它的真实性与价值性”。但每一文化系统的精神发展自有其“理路”，因而中国文化确又具有明显的差异和自身的优势。
牟宗三认为，中西文化之异，其表现之一，是各自对世界对象的把握不同。西方文化中的希腊传统，首先把握“自然”，表现“理智”（理智亦是心、理之一形态），因而开出逻辑数学科学。这是以“智”为笼罩者，故曰智的系统。中国文化首先把握“生命”，讲正德利用厚生以安顿生命，由此点出仁义之心性。这就一方面主观地开而为心性之学。这两方面结合起来，称做内圣外王，成为道德政治的文化系统。这个系统以“仁”为最高原则、为统摄，故亦曰仁的系统。综合而言，中国文化又可以概括为践仁的礼乐型文化系统。
中西文化之异，其表现之二，是二者文化生命的基本精神不同。中国文化是“以理生气”、西方文化是“以理尽气”。牟宗三认为，中国的成圣成贤之学，即是心性之学，它“是文化生命之灵魂，而所以引生无尽的未来者，正赖此耳。此即是心性之学中所谓‘以理生气’也”[151]。中国学术最懂得也最相信“以理生气”的道理，因而相信中国文化的悠久无疆，而不主张斯宾格勒在《西方的没落》中所倡言的文化断灭论。牟宗三宣称，“心性之学最大的作用就是‘以理生气’，此是文化不断之超越原则”[152]。能贯彻以理生气的原则，就能化才、情、气、润生护生，不致才穷、情尽、气竭。而作为道德主体的个人，便会将个人生命融进历史文化之中，以仁的实现为己任，开出生命之源、价值之源、理想之源。与中国文化“以理生气”之基本精神不同，西方文化生命的基本精神是“以气尽理”，即人顺生命之凸出而尽量用其才、情、气，以创造文化。这种以气尽理的精神，不以德性为主，不在尽心尽性尽理尽伦中表现。这个理，不是内在于心性中的德性之理，而是外在的事物之理。因此，以气尽理的精神虽能生天生地，但由于它一往顺之而不回头，故其生命之强度与才、情、气之强度，必有耗竭之时，必有才穷、情尽、气竭之时，因而西方文化总是“周期断灭”，不能像中国文化之悠久无疆。