马克思单靠对黑格尔的辩证法作点修补是不能解决问题的，他依靠的主要是对历史、社会学和政治经济学等等所进行的十分具体的调查……马克思辩证法主要是在由马克思开垦的理论处女地上诞生的。……黑格尔和马克思不是喝一口井里的水。[44]
显然，阿尔都塞也不同意马克思在《资本论》第一卷第二版跋中提及黑格尔的辩证法时关于“神秘外壳”和“合理内核”的比喻，因为这个比喻也会使人们忽略马克思和黑格尔的辩证法思想之间的结构性的差异。为此，他写道：
所以，马克思对黑格尔辩证法的“颠倒”完全不是单纯地剥去外壳。如果人们清楚地看到黑格尔的辩证法结构和黑格尔的“世界观”（即黑格尔的思辨哲学）所保持的紧密关系，那么，要真正地抛弃这种“世界观”，就不能不深刻地改造黑格尔辩证法的结构。否则，在黑格尔逝世已经一百五十年和马克思逝世将近一百年后的今天，不论你是否愿意，你就势必会继续拖着著名的“神秘外壳”这件破烂衣服。[45]
那么，究竟应该用什么样的语言来表达马克思和黑格尔思想之间的实质性差异呢？阿尔都塞又引入了两个新的术语，即“意识形态”（ideology）和“科学”（science）。在他看来，青年马克思的思想是在以康德、费希特、黑格尔、费尔巴哈，乃至布·鲍威尔（B.Bauer）和施蒂纳（M.Stirner），尤其是以黑格尔的唯心主义哲学为基地、以费尔巴哈的哲学人本学总问题为主要表现形式的意识形态的氛围中发展起来的。如果马克思仍然处在这种意识形态的氛围的支配下，那么不论他提出多么激进的思想，他仍然没有超越这一意识形态的总问题。然而，马克思不但没有在这种意识形态的浓雾中迷失方向，恰恰相反，
[他]从意识形态的大踏步倒退中重新退回（to retreat）到起点，以便接触事物本身和真实历史，并正视在德意志意识形态的浓雾中若隐若现的那些存在。没有这一重新退回，马克思思想解放的历史就不能被理解；没有这一重新退回，马克思同德意志意识形态的关系，特别同黑格尔的关系，就不能被理解；没有向真实历史的这一退回（这在某种程度上也是一种倒退），青年马克思同工人运动的关系依然是个谜。[46]