虽然阿尔都塞的研究受到他的结构主义的背景和立场[71]的影响，然而，他毕竟启发了我们的思路。阿尔都塞的一个重要贡献是提出了“总问题”（problematic）这一新的、重要的概念，并把它理解为我们判断每一种不同的理论的根本依据：
每一种理论本质上都是一个总问题，也就是说，与这一理论的研究对象相关的每一个问题的设定都植根于这一理论性的—系统性的母胎（the theoretico-systematic matrix）。[72]
阿尔都塞启示我们，每一种理论都有自己的一个“总问题”，亦即一个问题结构，与每一种理论的研究对象相关的任何具体问题都只能在这个结构中被提出来。当我们把两种不同的理论，如黑格尔的理论和马克思的理论放在一起时，判断它们之间的关系的标准就是看它们各自的“总问题”之间的关系究竟如何。如果两个“总问题”是一致的，这两种理论就是一致的；如果两个“总问题”是对立的，这两种理论之间的关系也就是对立的。阿尔都塞还进一步把错误理论和正确理论分别设定为“意识形态”（ideology）和“科学”（science），由于青年马克思的思想处在黑格尔和费尔巴哈的“总问题”的影响下，因而属于“意识形态”；而成熟时期的马克思形成了自己的“总问题”，因而属于“科学”；而在青年马克思和成熟时期的马克思之间则存在着“一个认识论的断裂”（an epistemological break）。
阿尔都塞的这套阐释方案的提出确实在理论界产生了振聋发聩的影响，“总问题”的概念由于融入了结构主义的酵素，也显得比卢卡奇的“总体性”概念具有更多的解释权，然而，一方面，阿尔都塞对“总问题”概念的阐述缺乏明晰性，有时候把它理解为一个问题结构或问题体系，有时候又把它理解为一个理论体系中的主导性问题，事实上，他也未运用这个概念对任何一种理论内部的问题结构做出具体的分析，而关于“理论性的—系统性的母胎”这样的提法，表明他仍然没有完全超越运用比喻的方式进行理论阐释的传统的思路；另一方面，“意识形态”、“科学”、“认识论断裂”这样的提法完全否认了马克思与黑格尔之间存在的理论继承关系，也使我们上面已经提及的许多理论现象无法得到合理的解释。