长期以来，在马克思主义哲学研究的领域中存在着一个禁区，即难以深入地讨论马克思和恩格斯哲学思想之间存在的差异。其实，就马克思个人来说，他青年时期的思想与成熟时期的思想之间也存在着差异，更何况马克思和恩格斯是两个人，他们在学术研究上也有不同的侧重点，所以在哲学思想上存在着差异是十分自然的。后人发现并研究这种差异正是为了更深入地理解并把握马克思哲学的本真精神。
最先意识到马克思和恩格斯在哲学思想上的差异的是西方马克思主义者。比如，卢卡奇在《历史与阶级意识》（1923）中就从以下两个方面阐明了恩格斯与马克思哲学思想的差异：一方面，卢卡奇批评了恩格斯关于自然辩证法的思想，认为这一思想撇开人的活动去讨论所谓自然的自身运动，不过是谢林和黑格尔的自然哲学思想的一种残余。卢卡奇认为，按照马克思的观点，自然是一个社会范畴，是以人的实践活动为媒介的。因而自然辩证法是不存在的，唯一存在的是社会历史辩证法。我们知道，马克思和恩格斯在自然观方面的差异后来在萨特的论文《科学和辩证法》（1961）和施密特的著作《马克思的自然概念》（1962）中得到了进一步的论述。另一方面，卢卡奇也不同意恩格斯在《路德维希·费尔巴哈与德国古典哲学的终结》中把实践仅仅理解为“实验和工业”，在他看来，马克思首先把实践理解为革命斗争，理解为对现存世界的批判和改造。卢卡奇虽然说得不是很明确，但他实际上暗示，恩格斯受到了当时的实证主义思潮的影响，他主要从科学性和技术主义的角度来理解并阐释马克思的哲学思想，从而已经暗含着后来被第二国际的理论家推向极端的“科学的马克思主义”的萌芽。尽管晚年卢卡奇在《社会存在本体论》（1971）中重新肯定了恩格斯关于自然辩证法的思想，但马克思和恩格斯之间在一系列哲学问题上的差异是无法否认的。