正如老黑格尔早就告诉我们的，方法不是某种外在的、可以弃置不顾的东西，它总是内在于整个哲学研究和叙述的过程中。在探讨马克思哲学的当代价值时，我们同样不能忽略方法论问题。我觉得，特别需要注意的是以下两点：
其一，追求概念的明晰性。尽管我们并不像早期维特根斯坦一样，主张在人工的、理想的语言环境中讨论哲学问题，但当我们运用日常语言来讨论哲学问题时，寻求概念上的相对的明晰性还是必要的。比如，“马克思哲学”与“马克思主义哲学”这两个概念之间就存在着重大的差异。这种差异甚至连马克思本人都不加以否认，恩格斯在1890年8月5日致康·施密特的信中这样写道：
正像马克思关于70年代末的法国“马克思主义者”所曾经说过的：“我只知道我自己不是马克思主义者。”[1]
在我们看来，“马克思哲学”指的是蕴含在马克思本人的著作、手稿、书信、谈话等“原始资料”中的马克思的哲学思想，而“马克思主义哲学”在最广泛的意义上指的则是马克思同时代的或以后的研究者在对马克思哲学思想的理解和解释中形成的各种文本，也就是我们通常所称的“第二手资料”。在这样的理解和解释的过程中，由于研究者的先入之见的融入，必然会形成多元的或复数的“马克思主义哲学”，如苏联模式的马克思主义哲学、当代中国的马克思主义哲学、西方马克思主义哲学，等等。所以，我们首先要探讨的应该是以原始资料为基础的“马克思哲学”的当代价值，而不是以第二手的资料为基础的“马克思主义哲学”的当代价值。
其二，避免落入“分析目的论”的窠臼。法国哲学家阿尔都塞在《保卫马克思》一书中曾经批判过这种错误的方法论思想。所谓“分析目的论”指的是人们在研究历史人物时，极易把人们已经掌握的这位历史人物的晚期思想作为目的引入到对他的早期思想的分析中。如有的学者批评维克多·法里阿斯在其《海德格尔和纳粹》一书中竟把海氏青年时期的一举一动都写成纳粹的模样，这里显然有“分析目的论”在起作用。同样地，当我们研究马克思的早期哲学思想时，也要避免这样的做法，即把他的晚期哲学思想作为预先悬挂在那里的目的引入到对他的早期哲学思想的分析中。这种“分析目的论”的方法不但会使研究者忽略青年马克思的哲学思想与当时的现实生活之间的互动关系，把马克思哲学思想的发展理解为不同文本之间的更替，也会导致对马克思哲学思想理解的简单化。所以在方法论上，我们应该把两种不同的视角综合起来：一是“源”，即现实生活与马克思哲学思想之间的关系；二是“流”，即传统的或同时代的哲学文本与马克思哲学思想之间的关系。只有运用正确的方法，才能再现出马克思哲学思想的真谛和它的全部丰富性。