巴斯卡批判实在论，始于科学的解释，批判了科学哲学关于世界解释的不完备性，无论对于以往的自然科学观还是社会科学观，都是一种革命性的超越。首先，先验实在论思想的提出驳斥了实证主义的科学观。实证主义从事物及其表面所呈现出的规律性中寻找相关法则，强调逻辑分析与经验验证，但这仅限于受控的、可重复的封闭系统，只看到现象的实际层面，未涉及事物的实在层面。而先验实在论更关心深层的因果性，而不是表象的规律性，提出实在的层化（深度本体论）、结构、机制、开放系统等概念，旨在发现隐藏在事物现象背后的结构与因果机制，进而对事物及自然规律的实在层面进行更为深入的研究，为科学提供一种有别于传统的新解释，更为重要的是，重新提出了有关科学研究的根本性问题——本体论的问题。由于事物的深层结构和机制隐藏于表象之后，不易观察，因此，先验实在论认为物理世界与人类世界皆处于开放系统中，故它们是解释上的必然，而不具有逻辑上的必然。
其次，关于社会科学的方法论问题，即社会科学研究在多大程度上能够采用与自然科学同样的研究方式的问题，巴斯卡提倡一种反实证主义的自然主义。实证主义主张社会与自然应采用相同的方式进行研究，并以休谟法则为依照。而诠释学则认为社会科学的目标在于说明社会事件的意义，故反对自然主义。巴斯卡将先验实在论运用到社会科学的研究中，主张社会科学的核心在于找出社会现象的生成机制及因果关系。社会现象突现于深层的底层实在结构，来自于实际域，然后是经验域，而人们理解社会现象时却与此相反，即从经验域出发到实际域，最后到真实域，这使得我们理解社会成为难题。但巴斯卡坚信，只要理顺这种关系，寻找同时适用于自然科学和社会科学的方法是可能的。为此，巴斯卡提出一个有关社会的本体论问题：“社会与人类拥有哪些特质，能够使其成为我们知识的客体？”[55]他认为首要考察的是社会所拥有的本体论特性，在此基础上转入这些特性是如何使知识的客体成为可能的认识论问题上。