如果我们坚持社会科学的学科独立性，就不得不面对在社会科学和自然科学的统一与分化之间形成的张力，这是当代社会科学哲学必须关注和解决的一个核心议题。知识的整体性是二者统一的理论基础，但它们又在研究对象、方法和模式上存在显著的差异。为了正确对待社会科学和自然科学之间的对立与融合，我们有必要重新审视自然科学范式之于社会科学研究的适用性。适用性问题分析是研究科学思维和方法跨学科应用的逻辑前提。
纵观整个社会科学发展史，不论是牛顿力学还是达尔文进化论，借鉴和模仿自然科学范式已然成为社会科学维护其科学合法性的有力途径。近年来，发端于各门自然科学学科的“复杂系统范式”[73]，在社会科学领域中的应用不断扩张，其所倡导的科学世界观、认识论和方法论引起了社会科学（哲学）家的广泛重视。然而，对于复杂系统理论和方法是否适于介入社会科学研究，学界存在两种截然不同的态度：一些学者倡导借助复杂系统范式来解决传统社会科学研究所面临的各类困境[74]，另一些学者则表达了对其适用性的怀疑[75]。值得注意的是，不论是支持还是反对复杂系统范式的跨学科应用，国内外学界并未对其适用（或不适用）的层次和范围给予足够重视。支持应用的学者仅在宏观上将其视为探索新的社会科学研究形式的有效进路；反对应用的学者则把其不适用性简单归结为社会科学与自然科学研究范式的不可通约。正是在这一背景下，本章尝试在社会科学与自然科学研究对象所具有的同质性的基础上，分析并揭示复杂系统理论和方法适用于社会科学研究的具体层次和维度。
通过剖析社会系统的复杂适应性本质，重构社会科学的认知模式，进而推动社会科学方法论体系的发展，不仅有助于澄清复杂系统范式核心的研究思维、理论基础、实践规范和方法等，及其在具体的社会科学研究主题中的适用层次及其适用度，而且，交叉研究的成果也可以进一步丰富和深化复杂性理论本身。因此，这并不是用自然科学来取代社会科学，也不是社会科学对自然科学范式的盲目照搬，更不是妄想在复杂系统科学的基础上建立包括社会科学和自然科学在内的大一统科学，而是尝试跨越学科专业化的鸿沟，以跨学科和全学科的研究模式来整体推进社会科学研究模式的革新。