这是改革的第三层含义，相当于英文中的“reform”“reconstruct”“rebuild”“innovate”，意指“改造”“改变”“重组”“重建”“革新”等。我国的机构改革、人才体制改革和其他具体体制的改革，大都属于类似的改革，我们经常谈到的“技术改造”“技术革新”“产业调整”“机构重组”都是属于这一层次的改革。相对于前两个层次的改革，这一层次的改革可以称为“微观层次”的改革，针对的是具体的方针政策。
相对于第一层次的改革而言，这种改革不是整体的，而是部分的或局部的，虽然其间接影响很大，但其直接影响往往是局部的。这种改革不涉及根本的社会制度，也不是对社会制度的根本性变革，但它必须体现社会制度的优势和特征，必须有利于社会主义制度的巩固和完善。相对于第二层次的改革来说，它涉及的内容更加具体，采取的措施更加灵活，是具体方针政策的变革，是部门行业内部的变革，也是区域范围内的变革。这种改革是连续的、不间断的，不断解决旧问题、探索解决新问题的过程。所以这一层次的改革伴随经济社会发展的始终，谁要阻挡都是不可能的，谁要走回头路用以前的老办法也是不可能的；这种改革虽然不是全面的、系统的，但它在微观层次涉及经济社会发展的各个方面，涉及广泛的社会领域、思想领域和广大人民群众的微观生活领域。邓小平对这一层次的改革论述最多，涉及经济政治文化社会等各个领域的具体管理体制，涉及内政、外交、国防、治党、治国、治军的各项具体方针政策，还涉及改革发展稳定的各项措施。
中国改革开放近40年的历史经验告诉我们：没有改革开放，就没有中国特色社会主义。但改革必须分层次、有步骤地进行。如果没有第一层次的改革，没有对旧体制革命性的变革，就不可能开辟出中国特色社会主义道路，确立起中国特色社会主义基本制度；如果没有第二层次的改革，就不可能建立起适合中国国情的、充满生机和活力的经济、政治、文化、社会管理体制；如果没有第三层次的改革，就不可能调动其广大劳动群众的积极性、主动性和创造性，形成改革创新的良好局面，也不可能在现代化进程中取得如此显著的成就。