尽管（与意识形态不同的）“思想的上层建筑”概念，消除了“意识形态的上层建筑”概念中固有的矛盾，但它本身并没有摆脱诸多问题的困扰。首先需要强调的一个问题就是，将意识表述为一种由（经济）基础决定的思想的上层建筑是否恰当？换言之，传统的“基础—上层建筑”空间表述必须在意识生产的语境中予以检视。尽管1859年“序言”似乎已将“上层建筑”这一术语限制在法律和政治层面，《德意志意识形态》和《路易·波拿巴的雾月十八日》等文本也将政治和意识纳入“上层建筑”这一术语之下使用。“基础—上层建筑”的空间想象意指：社会意识形式不具有自主性，也不是自行产生的，它们的产生是以一定的社会生产关系为基础的。麦克斯·阿德勒（Max Adler）指出，这一建筑物比喻主要是为了鲜明地反对唯心论者的形而上学和唯心主义（后者企图赋予思想以自我发展的自主性）。[1]
不难发现，这一空间想象带来了认识上的一些困惑，也的确引入了一些与当初意指正相反的内涵解读。一方面，将上层建筑与产生它的基础或根基区分开来的做法，会让我们以为意识是一种次要的现象，一种纯粹的反思，其现实性最终要在生产关系中寻找。意识于是就被剥夺了具体的内容和意义，被归结为经济关系。这种极端还原论的一个例子就是由列宁提供的：列宁在第一次进行理论分析时指出，马克思在《资本论》中对经济结构的解释仅仅是从生产关系的角度来进行的，不过在这样做的时候，也总是提及与此相应的上层建筑。[2]仿佛已无须分析上层建筑本身了。这与列宁后期对政治和“意识形态的”领域等的重要性和自主性所做的重点强调之间形成了鲜明的对比。
另一方面，空间想象可能会引发与原初含义相左的解读，如把基础和上层建筑视为孤立的和自足的总体——经济、国家和意识形态——它们以特定的方式结合在一起因而产生了某种“生产方式”，它们还以某种具体的方式互相作用、互相影响。这些总体之间的关系被认为是对业已形成的实体的外在的影响因素，其影响效应存在着程度上的差别。基础和上层建筑因此就成了一种实体化的存在，仿佛构成了一个具有相对自主性的领域，在这其中有一些因素可以决定另外一些因素，或其中有一个因素具有最终的首要决定性作用。这样一种解读（特别是在某些结构主义者那里）就体现在辛迪斯那里，因为辛迪斯在批判“相对自主性”时指出：“我们要么有效地将政治的和意识形态的现象归结为受其他因素（主要是经济因素）决定的阶级利益……要么就必须面对政治和意识形态现象的真正的自主性以及它们之于由经济结构所决定的利益的不可还原性。”[3]问题是，在这里（就像在其他许多情况下一样），辛迪斯真是过于着急将阿尔都塞的立场视为真正的马克思主义者的立场了，因此他的批判误将结构主义对马克思的阐释当成是马克思自己的了。