皮尔士的科学方法论与其意义理论密切相关。科学方法的任务是确定信念，信念总是以思想、观念、判断的形式存在，它们的意义必须清楚明白。皮尔士的意义理论的主要内容就是澄明思想、观念等的意义。这一理论在皮尔士整个实用主义哲学中具有重要地位。杜威曾谈道，皮尔士把实效主义“这个名词的含义局限于确定诸种名词，或更确切地说，诸种命题的意义。这种理论本身并不是关于试验，或真理，或命题的理论。因此，他最早的论文的标题是‘怎样使我们的观念清楚明白’。在他后期的著作中，当他把这个名词当作一种真理论时，他企图用受到更大限制的实效主义来指称他本来的特殊意义”[14]。一些西方哲学家认为，强调意义理论甚于强调真理论是皮尔士实用主义不同于詹姆士等人的主要表现之一。杜威就明确指出“即使是就命题的意义来说，皮尔士的实效主义与詹姆士等人的实用主义也存在着明显的区别”[15]。
皮尔士和詹姆士的这种区别主要表现在詹姆士强调命题的意义在于所引起的行为的特殊结果。詹姆士在《哲学概念和实际效果》中谈道，“任何哲学命题的有效意义，总是可以见诸某种特殊的后果，见诸我们未来的实践经验中，不管是能动的还是被动的；关键之点在于这种经验必然是特殊的这个事实，而不在于它必然是能动的这个事实”[16]。皮尔士强调的则不是特殊的效果，而是实践和行动，以及由此得出的具有一般意义的命题。在他看来，对命题的断定实际上所预示的必然只是对一切实验现象的一般描述，这不可能只是单纯的现在，而必须引向未来，每一命题的理性的意义在于未来。正如杜威指出的，“皮尔士更加强调实践（或行动），而不是特殊的东西。事实上，他把重点转向了一般……意义既同一于未来，又同一于一般”。皮尔士“把意义同一于习惯的形成，或者说，具有尽可能最大的一般性、可以运用于最广大范围的特殊性的行为方式的形成”[17]。