《魏书》撰成后，曾经在北齐统治集团中引起激烈的争论。有人说它“可谓博物宏才，有大功于魏室”，“此谓不刊之书，传之万古”，也有人说它“遗其家世职位”，或是“其家不见记录”，甚至还有人说它记事“妄有非毁”，是一部“秽史”。北齐皇帝高洋、高演、高湛都相继过问此事，十几年中魏收两次奉命修改《魏书》，所改仅限于个别门阀人物的先世。足见这场纷争，不过是因《魏书》宣扬门阀而又未尽如门阀之意而引起的，以此把它诬为“秽史”，是没有道理的。唐初以后，又有人说《魏书》“党齐毁魏”，记东魏、北齐间史事存在曲笔，用以加重“秽史”的口实。这就过分夸大了《魏书》的曲笔。事实上，唐初史学家们在讨论修撰前朝史时，已承认了《魏书》的“正史”地位，说它“已为详备”。李延寿在《北史·魏收传》后论中，一方面批评了魏收对《魏书》纠纷在人事上处置的失当，一方面又充分肯定了《魏书》的历史地位，说它“追踪班、马，婉而有则，繁而不芜，持论序言，钩深致远”。隋唐时期，重撰元魏史者甚多，但千载而下，诸家尽亡而《魏书》独存，说明它确是一部有价值的皇朝史。
《魏书》是一部有很高史学价值的“正史”，但是唐太宗贞观十年（636年），李百药在他所撰的《北齐书·魏收传》里，以北齐人之口，把《魏书》号为“秽史”。此后，无论是古人还是今人，也有为《魏书》讲几句公道话的，但还不能从根本上替它洗去“秽史”之名。这里我们要对这一问题作简要的历史考察，以证“秽史”说之非。
魏收在北魏末年和东魏时期一直担任史职，但他正式受诏撰《魏书》，是在北齐天保二年（551年）。他主要做了三件事：一是“博总斟酌”，对前人所修魏史的成果作通盘的研究，制订新的修撰计划；二是“辨定名称，随条甄举”，确定具体的内容和条目；三是“搜采亡遗，缀续后事”[181]，对前人所记史事进行补充或续作。在没有完整的纪传体魏史做参考的情况下，魏收和他的助手们只用了三年多的时间，就撰成包括纪十二卷、传九十八卷、志二十卷的《魏书》。应当说，这件事情本身就有值得称道的地方。