中国古代史学发展到明清时期，有两个极明显的特点，一是越来越具有更广泛的社会性，二是出现了批判、总结的趋势，同时也萌生着嬗变的迹象。大致说来，史学理论的发展，也不能脱离这两个特点，而在后一个特点上表现得更突出一些。因此，这可以被看作中国古代史学理论的终结阶段，其特征便是批判、总结和嬗变。明后期的王世贞、王圻、李贽，明清之际的顾炎武、黄宗羲、王夫之，清前期的王鸣盛、赵翼、钱大昕、崔述、章学诚、阮元、龚自珍等，在史学理论、方法论方面，都各有不同的成就和贡献。
在史学的批判总结方面，王世贞对国史、野史、家史的总体性评论，具有方法论的意义。他曾著《史乘考误》11卷。在卷首小引中，他指出了国史、野史、家史的种种弊端，然后写道：“虽然国史人恣而善蔽真，其叙章典、述文献、不可废也；野史人臆而善失真，其征是非，削讳忌，不可废也；家史人谀而善溢真，其赞宗阀、表官绩，不可废也。”他对国史、野史、家史的这种估价，不同于一些史家所持的片面性看法，而带有辩证的因素。同时，他的这个见解，是建立在对于许多文献、史料辨析的基础上提出来的，故尤其具有方法论的价值。李贽在史学理论上的批判精神，比王世贞要突出得多。其主要之点，是针对以往的社会历史观提出来的，而核心又在于历史评价的是非标准。李贽认为：“人之是非，初无定质；人之是非人也，亦无定论。无定质，则此是彼非并育而不相害；无定论，则是此非彼亦并行而不相悖矣。”这是肯定了人们认识事物的“是”与“非”是可以同时存在的，甚至可以“并育”以促进认识的发展。他进而指出：汉、唐、宋三代，“中间千百余年而独无是非者，岂其人无是非哉？咸以孔子之是非为是非，故未尝有是非耳”[28]。这是明确地提出，在历史评价上应当改变“咸以孔子之是非为是非”的传统价值观念。李贽的这一认识，包含有相对主义的因素，但在当时对于突破传统历史思想的束缚方面，是有积极意义的。这反映出史家在史识的理解上已开始提出了新的认识。王圻有丰富的历史撰述，《续文献通考》是他的代表作。《续文献通考》在史学理论上有两点是极为突出的，一是重视历史撰述上的批判继承，二是重视史学的经世致用。他对马端临《文献通考》的批判继承表现在：第一，要改变“详于文而献则略”的情况；第二，增加辽、金典制；第三，增设若干新的门类。从《通典》《通志·略》《文献通考》到《续文献通考》，古代史家尊重前人成果又不囿于前人陈说的学风和思想，表现得十分明显。对前人著述和思想批判继承的理论，无疑是古代史学理论的一部分。