司马迁撰《史记》，是有明确的历史思想做指导的。他在《报任安书》中，只用了几句话就把这个指导思想做了概括，这就是：“网罗天下放失旧闻，考之行事，稽其成败兴坏之理，凡百三十篇，亦欲以究天人之际，通古今之变，成一家之言。”[66]其中，“究天人之际，通古今之变”即探究天人关系、疏通古今变化的主旨，集中地反映出司马迁历史哲学的精髓。
在汉武帝时代，关于天人关系和古今关系，是思想界关注的大问题。经学大师公孙弘（公元前200—前121）认为，当时的诏书律令都能“明天人分际，通古今之义”[67]。汉武帝举贤良册问中也有“善言天者必有征于人，善言古者必有验于今”的话，也是说的天人关系和古今关系；至于董仲舒的以贤良对策，则是阐述“天人之征，古今之道”[68]的大文章，具有广泛的影响。但他们所宣扬的是要“迹之于古，返之于天”，在历史观上是保守的、唯心的。司马迁的历史哲学是与此相对立的。
司马迁讲的“究天人之际”，首先，强调天人相分，即认为天道与人事是不相干的。《伯夷列传》就最明显地反映了这个认识，他以伯夷、叔齐和颜渊为例，对“天道无亲，常与善人”的说法进行批评，说：“天之施善人，其何如哉？”到了近世，“操行不轨，专犯忌讳”的人，“终身逸乐，富厚累世不绝”；反之，公正发愤的人“而遇灾祸者，不可胜数也”。由此，司马迁深沉地写道：“余甚惑焉，倘所谓天道，是邪非邪？”又如上文讲到，司马迁对项羽英雄一世但从不自察，临死之前还一再说“此天之亡我，非战之罪也”，取严肃的批判态度，说是“岂不谬哉！”这都是不承认天道可以干预人事。这跟董仲舒宣扬的“天人感应”说是相对立的。其次，司马迁对当时盛行的封禅祭祀、祈求神仙的活动的虚妄，予以深刻的揭露。他批评汉武帝：“今上封禅，其后十二岁而还，遍于五岳、四渎矣。而方士之候祠神人，入海求蓬莱，终无有验。……天子益怠厌方士之怪迂语矣，然羁縻不绝，冀遇其真。”由于天子的欲罢不能，所以“自此之后，方士言神祠者弥众，然其效可睹矣”[69]。这就大大毒害了社会风气。“然其效可睹矣”这句话，是多么强烈的讽刺！最后，司马迁刻意写出了人事在历史发展中的重要作用。他在《太史公自序》里说，三十世家，是要写出“辅拂股肱之臣”的“忠信行道，以奉主上”；七十列传，是要写出那些“扶义俶傥，不令己失时，立功名于天下”的人们的活动。在中国史学发展上，这是第一次把人的活动放到如此重要的历史位置上来看待。司马迁的这一意识，在他写秦汉史事时尤为突出。他评价陈胜说：“陈胜虽已死，其所置遣侯王将相竟亡秦，由涉首事也。”[70]他赞扬刘敬“脱挽辂一说”，献定都关中之策，“建万世之安”[71]。称赞陈平在汉初“常出奇计，救纷纠之难，振国家之患”，后又在诸吕之乱中“定宗庙，以荣名终，称贤相”，“非知谋孰能当此者乎？”[72]这是强调了智谋的作用。与此相关的是，他评论晁错、主父偃在对待刘姓诸王问题上的得失时指出：“安危之机，岂不以谋哉？”[73]认为：“君子用而小人退”，这是“国之将兴”的征兆，而“贤人隐，乱臣贵”则是“国之将亡”的迹象。进而指出：“甚矣，‘安危在出令，存亡在所任’，诚哉是言也！”[74]这是把如何用人看作是国家安危存亡之所系。他还指出：要使国家强盛太平，“唯在择任将相哉！唯在择任将相哉！”[75]