司马迁作为中国古代史学的奠基者，不仅在于他具有深刻的历史思想，还在于他具有丰富的史学思想。
司马迁的史学思想之突出的地方，首先，是他的史学发展意识。所谓史学发展意识，它不只是涉及有关史学的某些方面的认识，而且极为看重史学是史学家们不应为之中断的、具有连续性的神圣事业。他在《史记·太史公自序》中郑重地写道：
先人有言：“自周公卒五百岁而有孔子。孔子卒后至于今五百岁，有能绍明世，正《易传》，继《春秋》，本《诗》、《书》、《礼》、《乐》之际？”意在斯乎！意在斯乎！小子何敢让焉。[93]
“小子何敢让焉”，这是把“绍明世”、“继《春秋》”的工作同周公、孔子的事业联系起来，还有什么比这更重要的呢？在司马迁看来，“《春秋》辨是非，故长于治人”；“《春秋》以道义”，“拨乱世反之正，莫近于《春秋》。《春秋》文成数万，其指数千。万物之散聚皆在《春秋》”。可见，所谓“继《春秋》”，确乎是神圣的事业。司马迁自觉的史学发展意识，可谓鲜明而又强烈，是先秦时期史学中不曾有过的。司马迁的史学发展意识，转化为伟大的史学成果《史记》，作为“一家之言”卓然自立。司马迁说的“成一家之言”，不仅仅是指《史记》说的，而且也是指“史家”说的。战国时期有诸子百家而“史记放绝”，司马迁要改变这种状况，他要使历史撰述也成为一“家”。这在史学发展上，是一件具有划时代意义的事情。
其次，是他对史学的社会作用有深刻的认识。他指出：
居今之世，志古之道，所以自镜也，未必尽同。帝王者各殊礼而异务，要以成功为统纪，岂可绲乎？[94]
这段话的大意是：现今的人们，认识古人的行事，目的是为了给自己做一面镜子以为借鉴，而不必去完全模仿古人的做法。不同时期的帝王大凡都有各自的礼法制度及重要事务，归根到底都是以获得成功为总的目标，既不可把它们混同起来，更不可以把古今混同起来。这是对于史学之社会作用的极精辟的说明。历史上人们的做法和经验，不可照样搬用；不同时期的人们都是根据自己所面临的问题，为了获得成功而各有不同的做法。人们之所以要考察和认识历史，是为“自镜”，为了有更多的借鉴，增添成功的因素。司马迁一方面肯定历史有“自镜”的价值，另一方面又反对混同古今而模仿历史。他既肯定了史学对于社会的积极作用，又反对把这种作用做庸俗化的理解。两千多年前，司马迁提出的这一认识，具有重要理论价值和社会意义。