魏晋南北朝时期，佛教大为发展，影响到政治、经济、社会生活、思想文化。
针对佛教的盛行和有神论思想的泛滥，南朝齐、梁之际的无神论思想家范缜著《神灭论》予以驳斥。他指出：“神即形也，形即神也，是以形存则神存，形谢则神灭也。”“形者神之质，神者形之用，是则形称其质，神言其用，形之与神，不得相异也。”此论一出，“朝野喧哗”。齐竟陵王萧子良发动僧俗名流数十人与之辩难而终不能屈，于是“子良使王融谓之曰：‘神灭既自非理，而卿坚执之，恐伤名教。以卿之大美，何患不至中书郎，而故乖剌为此，可便毁弃之。’缜大笑曰：‘使范缜卖论取官，已至令仆矣，何但中书郎耶。’”[125]在有碍“名教”的压力和高官显位的**面前，范缜显示出了在理论上的坚定信念。有神无神，有佛无佛，是当时思想领域的大论争。在这个论争中，史学家也是壁垒分明的。略早于范缜的范晔，“常谓死者神灭，欲著《无鬼论》”，认为“天下决无佛鬼”[126]。而与范缜同时的沈约，在梁武帝发动“王公朝贵”撰文围攻范缜时，连续写出了《答释法云书难范缜〈神灭论〉》、《神不灭论》、《难范缜〈神灭论〉》等文，这种思想上的分野，也反映在他们所撰的史书当中。
如范晔在《后汉书》的史论中，就表明了他在历史观上的朴素唯物论倾向。他批评佛教“好大不经，奇谲无已”，“故通人多惑焉”[127]。他批评种种方术“斯道隐远，玄奥难原，故圣人不语怪神，罕言性命”；方术怪诞之论“纯盗虚名，无益于用”，不过是有人“希之以成名”的工具罢了。他对武帝“颇好方术”，光武“尤信谶言”，桓帝“修华盖之饰”，都采取批评的态度。[128]他在《光武帝纪》后论中引卜者王长语，举方士夏贺良上言，望气者苏伯阿语，以及道士西门君惠、李守等人的预言，以证明“其王者受命，信有符乎”，这在《后汉书》史论中是极特殊的一例，自然不值得称道。他极少讲“天命”，即使讲到了，也是采取保留的态度。他说：“天命符验，可得而见，未可得而言也。然大致受大福者，归于信顺乎！”[129]他是把顺乎天、信乎人结合在一起来看待的。这虽多少带有一点折中的色彩，但范晔的思想倾向不是折中的，所以直到临死前还说：“天下决无佛鬼！”