在史学近代化的过程中，也伴随着近代的历史研究方法的出现。
1947年，顾颉刚在他的《当代中国史学·引论》中，讲到当时的中国近百年史学的后期发展情况时写道：
后期史学的面目，是颇为新颖的。他（它）所以比前期进步，是由于好几个助力。第一是西洋的科学的治史方法的输入。过去的乾嘉汉学，诚然已具有科学精神，但是终不免为经学观念所范围，同时其方法还嫌传统，不能算是严格的科学方法。要到五四运动以后，西洋的科学的治史方法才真正输入，于是中国才有科学的史学可言。在这方面，表现得最明显的，是考古学上的贡献；甲骨文和金文经过科学的洗礼，再加上考古学上的其他发现，便使古代文化的真相暴露了出来。此外如新的考据论文，多能揭发各时代历史的真相，而史料的整理，也比从前要有系统得多。这都是科学方法之赐。[60]
在这之后，他还依次讲到另外几个“助力”：西洋新史观的输入，新史料的发现，欧美、日本汉学研究的进步，新文学运动的兴起等。作者把方法置于第一个“助力”，足以表明那时相当多的一部分学人的认识。
在这里，顾颉刚所说的“科学的方法”，主要是指近代考古学的方法和历史考证方法。其影响所及，有对甲骨文、金文的新认识，有新的考据论文，有一系列考古新发现，有新的史料整理，从而有了对古史的新认识。这个“科学的方法”的提倡，以胡适为最早，而王国维、顾颉刚、陈寅恪、陈垣是取得成就最突出的史家，被称为近代史学上的考据学派[61]。这个时期，梁启超在史学上有广泛的论述，他关于治史方法的倡导，产生了一定影响。
在二十世纪初的中国史学上，胡适被称作是一个“最先有方法自觉”的人。而胡适自己也认为“‘方法’实在主宰了我四十多年所有的著述”[62]。胡适以其在新文化运动中的影响，又打着“科学”的旗号，故其倡言“方法”的言论，曾一度为不少人所接受。胡适所倡言的“科学的方法”，用他自己的话来概括，叫作“大胆的假设，小心的求证”，这10个字，是“胡适科学方法的商标”[63]。胡适的方法论，另一方面标榜“尊重事实，尊重证据”，另一方面又否认真理的客观性，从而否认人们认识真理的可能性。他认为“一切‘真理’都是应用的假设”，“所有的科学律例不过是一些最适用的假设，不过是现在公认为解释自然现象最方便的假设”[64]。可见，胡适的“科学的方法”实质上是实用主义方法。这种“方法”既不承认真理的客观存在，“事实”和“证据”也就从根本上失去了它的价值。而其在对待具体史事上，“宁可疑而错，不可信而错”，实则是一种历史虚无主义的方法论。