从思想史的角度看，社会有机体理论并不是马克思的独创。依据历史资料，圣西门在19世纪初就初步提出了社会有机体思想。圣西门逝世后，他的门徒在《圣西门学说释义》中明确提出“社会是一种有机的整体”，并要求分析“社会这个统一机体的各个器官”。孔德则在19世纪30年代创立了社会有机论理论。依据生物学中的“个体有机论”，孔德把社会有机体分解成家庭、阶级或种族以及城市和社区，并认为家庭是社会真正的要素或细胞，阶级或种族是社会的组织，城市和社区是社会的器官。尔后，斯宾塞又对社会有机体与生物有机体的相似之处与相异之点进行比较，使社会有机体理论得以深化和系统化。自此以后，社会有机体理论便成为西方社会科学的基本理论和方法，这是一种用生物有机体的“细胞”、“组织”、“器官”等概念来分析社会的理论和方法。
马克思的社会有机体理论与孔德等人的社会有机体理论有相似之处，又有本质的不同。马克思最初是在《哲学的贫困》中提出“社会有机体”这一范畴的，即社会是“一切关系在其中同时存在而又互相依存的社会机体”[52]。马克思从人的实践出发来说明社会有机体运动，揭示出社会有机体不是按生物活动规律，而是按实践活动规律运行的；从物质生产、精神生产和人本身生产以及社会关系生产出发说明社会有机体有着自身的特殊活动规律。马克思主义历史观的社会有机体理论是一个以人的活动为内容，包括物质生产、精神生产和人自身生产在内的总体结构，是一个动态地展开各种社会关系如何运动，并最后凝聚于人本身发展的宏大的社会发展理论。
历史唯物主义首先从结构的角度把社会有机体分解为生产力与生产关系（经济结构）、经济基础（经济结构）与上层建筑（包括政治形式和意识形式），认为经济基础是社会有机体的“骨骼”系统。上层建筑则是“血肉”系统，并以生产方式的发展为主线显示社会发展的五种形态。在《〈政治经济学批判〉序言》中，马克思以经典的形式表述了这一发展图式：