马克思在《手稿》中，对异化劳动的理论做了最完备的论述。《手稿》中不仅有一个由编者题为“异化劳动”的片段专门论述这个问题，实际上从第一手稿的工资、利润和地租，到第三手稿对黑格尔的辩证法和整个哲学的批判，都直接或间接论述了异化劳动的问题。完全可以说，异化劳动理论是马克思当时分析社会问题和经济现象的一个基本理论和方法。
但和对穆勒《政治经济学原理》的评注相比，《手稿》有一个重大特点，即在《手稿》里分析的劳动已经不是一般商品生产劳动，而是资本主义制度下的雇佣劳动，无产阶级和资产阶级（资本和劳动）的对立，是《手稿》中分析异化劳动的核心。在《手稿》中，马克思是在分析了工资、利润和地租之后集中地探讨了异化劳动的各种规定，初步地揭示了这种劳动的性质及其所包含的对抗关系。马克思试图从劳动本身探求资本主义制度下无产阶级“非人化”的原因。