先天遗传因素是影响生长发育的最基本的因素，它为儿童的生长发育提供了可能性。学前儿童生长发育的特征、潜力、趋向、限度都受父母双方遗传因素的影响，遗传性疾病对生长发育也有影响。研究表明，同卵双生子，成年后，其身高差别很小，头围也很接近，而体重的差别则较大，这说明骨骼系统的发育受遗传的影响较大，体重却易受环境因素的影响。
生长发育的各项形态指标和生理指标，如身高、体重、皮下脂肪、血压等都有不同程度的遗传倾向，其中尤以身高的遗传倾向更为明显。在良好的生活环境影响下的儿童，其成年身高在很大程度上取决于父母的身高。一般父母高的子女也高；父母矮的子女也矮。这就为身高预测创造了条件。
另外，性别和内分泌也是影响学前儿童生长发育的重要先天因素，如一般男孩比女孩重而高，但女孩青春发育期比男孩早；脑垂体、甲状腺、肾上腺等内分泌器官及激素都与儿童生长发育有关；大脑发育不全或内分泌器官发育异常都会严重影响儿童的生长发育。