进入21世纪后，尽管国家统筹下的全国性探索陷入了停滞状态，但综合高中的发展在一些省市仍然延续了下来，并走向了自主发展的道路（见表3.1）。
表3.1 部分省市自主出台的综合高中办学规章
从上述各地综合高中的相关政策文件和执行办法来看，目前我国各地教育行政部门对综合高中的办学理念、培育目标、课程设置、学籍管理、收费、教师队伍建设等方面的认识还存在一定差异，体现出各地根据自身教育发展状况做出的调整。
（一）办学理念
目前各地方对于综合高中理念的界定都集中在尊重学生特点、适应社会需求、促进个性教育与共性教育融合等基本原则上。例如，上海市就将综合高中的办学理念定为更好地适应上海经济建设和社会发展对人才规格需求的变化，充分满足社会日益增长的对多样化高质量教育的需求；浙江省则把综合高中界定为促进职业教育与学历教育相互兼容，为毕业生提供继续学习深造的机会的办学理念；湖南省将综合高中视为执行普通高中课程计划，为在工程技术、科技发明、设计制作等应用领域有兴趣和发展潜质的学生提供学习发展平台，为学生未来的专业选择和职业发展奠定基础；广西壮族自治区《关于开展综合高中试点工作的通知（2011）》则是促进普通高中文化基础知识与中等职业学校专业知识、专业技能的教育一体化，满足不同潜质学生的发展需要。
（二）培养目标
我国目前没有相关文件对综合高中的培养目标做明确的说明，各地方在试行中均按照自身的理解和需要对综合高中的培养目标进行了界定。例如，北京市教委2014年《关于在职业高中开展综合高中班试点的通知》提出，综合高中是高中阶段普通教育和职业教育互相渗透融合，为学生提供升学为主、就业为辅的一种教育模式，培养既有扎实的文化基础知识，又达到一定专业技能标准的综合性人才；上海市2001年《关于本市中等学校进行综合高中试点工作的意见》认为，综合高中的培养目标是培养与社会主义现代化建设相适应，德智体美等全面发展，具有普通高中文化基础知识和中等职业教育专业知识与专业技能，具有继续学习能力和一定就业能力的高素质毕业生；浙江省2001年《关于进一步完善和推广综合高中教育模式的意见》则将综合高中的培养目标定为为高等院校尤其是高等职业技术学院输送合格生源的同时，兼顾部分毕业生直接就业的需求，使所有毕业生均达到普通高中的文化水平，其中升高职和直接就业的毕业生兼有一技之长（即获取初级以上技术等级证书）；重庆市2012年《关于开展综合高中试点工作的通知》则认定目标是培养具有普通高中文化基础知识和中等职业专业知识与专业技能、具有继续学习能力和一定就业能力的高素质毕业生，为学生升入高等院校学习打下坚实的文化基础知识和职业基本技能基础，为社会培养较高文化水平的应用型人才。