“蜀学”二字在清末已较流行，其时有两个团体都以此命名，一是杨锐等1898年在北京成立的蜀学会（并设有蜀学堂），二是同一年宋育仁等在成都尊经书院设立的蜀学会（刊行《蜀学报》）。粟品孝教授已指出，前一个蜀学会“与蜀地一脉相承的蜀学关系不大”，其取名“蜀学”者，仅仅因为发起者和参加者均为蜀人也。后一个蜀学会则明确提出“昌明蜀学”的口号，而其所谓蜀学“就是蜀地之学，具体是指在蜀地学习以儒家经学为核心、包括西学在内的学术文化”。不过，这里似乎仍需稍做辨正。杨锐等所办蜀学会与其时闽学会、浙学会、湘学会等团体相类，其中，蜀、闽、浙、湘等地名更多地只是一个词头，其关键部分是在“学会”二字，确与一般在学派意义上使用的“蜀学”、“湘学”等落实在地域上的概念不同。至于宋育仁等设立的蜀学会，情形似稍复杂。一方面，粟教授已引用过的《蜀学会章程》第一条云：“现在时事棘艰，叠奉上谕，各省振兴学校，以期储才备用。学使慨济时艰，尤以振兴蜀学为念。”此处所谓“蜀学”者，主要意指学校，仍非学派也。就此而言，它和北京蜀学会虽有偏重教育和议政的不同，本质上似无甚差别。惟另一方面，《蜀学报》主笔吴之英又说：“蜀故有学也，何至今日始会始报也？曰：蜀学微矣。学者失其所学，今将返吾故焉，故以蜀学名也”。[113]此“蜀学”实已涵盖整个文化学术（或仍包括学校在内），而“返吾故焉”四字更直接透露出强烈的地域自觉，含有明确的认同意味。
晚清时期对“蜀学”一词的使用，值得注意的还有两个例子。其一是光绪十四年（1888年）冬初刊的《蜀学编》。此书原为尊经书院两位学生方守道、童煦章所辑课艺，原题《蜀贤事略》，经曾任四川学政的直隶宁河高赓恩（1841—1917）与尊经书院山长伍肇龄（1826—1915）增补而成。此书收集四川历史上“心术、学术不诡于正”的学人，辑录其事迹，参考的范本是《关学编》、《洛学编》、《北学编》等著作。这里的“蜀”标定的毋宁是“四川”这一地域范围，近乎宋育仁等人的用法。特别要提出的是，《蜀学编》的编纂虽由高赓恩发起，意在训士，而编者多为蜀人，更多一重地方认同之感。伍肇龄在序中就说：“由是敦崇四教，以上溯邹鲁渊源，将张、魏所诣，尚可扩充，岂徒以扬、马文章夸冠天下哉！”[114]显然，伍氏对川人为学“徒以扬、马文章夸冠天下”甚不以为然，在他看来，此编是要通过对“蜀学”渊源的发掘，以振拔蜀地士风。