从以上四点反对的理由来看，有三点是直接涉及来华传教士的。中国基督教会和中国基督教徒严重依赖来华传教士及其差会的大力支持，自然难免不会同意或积极支持废除传教士在中国赖以获得最大保护的不平等条约。
但是，这种情况到了1927年国民革命即将取得胜利和国民政府成立前后，就开始发生明显改变。越来越多的中国基督教知识分子和教会领袖，经过1922年开始的非基督教运动和收回教会教育权运动，特别是1925年的五卅运动的教训，已经明确认识到中国基督教必须积极要求和推动晚清以来的各种不平等条约的废除。
如有中国基督徒认为：“非基督教运动，既非无的放矢，必是由来有自。况参与此次运动的人，多系知识阶级，是否对否，颇费我们的研究，直到研究之后，便知事出有因。厥因维何？就是不平等的条约。当兹国家主义澎湃之时，国人感受不平等条约的束缚如何，这是宗主国同胞所知道，毋庸我来赘述。但我们所崇奉的宗教，不幸在历史上确与不平等条约发生了若干关系，而事实上，中西信徒又享受了不平等条约里面的宣教特殊权利，所以，反对不平等条约的人们，便迁怒于基督教了。”
也有中国基督徒认为：“教会固属宗教团体，不宜干涉政治，可是，传教条约确与教会自身，如缕如织地发生了多少密切关系，是不容我们不出来干涉的。传教条款的加入，纯为宣教而起，甚至有好几件条款，还是教士们赞助他们本国公使起草的。谁说订立之时，教会便得参与，废除之际，教会竟不宜干预呢？”[103]
还有中国基督徒认为，传教条约为帝国主义列强强加在中国人民头上的不平等条约之一。本来，传教是奉耶稣基督之命，也是由西方母国差会资助的，与其所在国家的政府没有关系，因此，不需要有什么条约的。况且，耶稣说：“我差你们去，如同羊进了狼群，你们要灵巧像蛇，驯良像鸽子”。还说：“你们要我的缘故，被送到诸侯君王面前，对他们和外邦人作见证。”“有人在这城里逼迫你们，就逃到那城里去。”耶稣并没有说：“你不用我差你去，我会叫你所自出的国的政府和你传教地的政府，订立一种传教条约，并有坚船利炮盾其后，有人要逼害你，你母国的政府一定会根据前所订立的传教条约，责成你传教地的政府遵照保护，保护不力，或更帮同迫害，必定有大兵派到他们国里去，叫他看见骇怕，不敢再惹你们，虽然身居虎口，仍是安如泰山，不用怕。”为什么西方传教士来到中国传教，就不能够遵循耶稣所说过的那样去做，反而派出他们到中国来履行并且保守耶稣所没有说过的呢？订立保护传教的不平等条约虽然都是政府所为，但是，不能否认，当初这些条约和条款的签订，都与受到迫害的来华传教士向本国政府报告和强烈呼吁，以及他们亲自参加谈判和签约有着直接的关系。[104]