不过，当时基督教界的简又文把新文化运动中积极提倡科学和新教育、新文化的一些人物，当然包括马克思主义者，积极投身非宗教运动看成是违背了学术和学者的本位。他说：“这运动更显得从前教育的一大弱点，即是少专门的学者。试看以一个研究生物学或政治学或其他科学的人，竟敢武断的威权，冒学理的招牌，居然用最确定的字句以断定宗教生死的命运！或者是以社会上大名鼎鼎的人，或者是新文化文学家，皆于宗教学研究无甚根底的，也奋笔直书，信口乱道！”不仅如此，他还直斥这些反宗教的新文化运动人物说：
这运动更显出知识界学术界内，一个绝大和绝险之事，如不早治，恐将至危害社会，祸及国家的病症。一辈青年，眼见祖国社会之贫弱特甚和震救方殷，但自身又未有良好的教育训练，因此不能用科学的手段和方法，加以宗教的精神和理想以寻求真理，用以救国救民；于是，自然（或者是中国社会遗传的大弱点，如燕大校长司徒雷登氏所指出）欢迎由外洋输运进口的学理、主义，及一概新奇的学说，不俟消化，未曾反想和研究其果合吾国情否，随即欲实施诸吾国，从上面以解决社会底下的各问题。所以，无论何国何世纪何时代何学者何时期所主张的何主义和何政策，一入吾国，简直变了救急扶危起死回生的“万应膏药丸散”。
简又文当时最担心威胁基督教发展的，正是在五四新文化运动中迅速传播的共产主义。因此，他特别指出：“近代中国学者们所标榜的主义‘多如牛毛’了，何以不能见诸实行呢？如今非宗教的运动，又借非教之名，以宣传‘共产主义’与‘鲍雪维主义’了。因此，我只劝劝新教育界的人检出翻读，并令中学以上学生必读年前胡适之教授所著的《少谈些主义多研究问题》一篇文章。”[129]