与近代科学观念表现出严重冲突的，莫过于产生近代科学的西方世界的基督教神学观念。近代科学重事实、重实验、重证明、重推理，而基督教以神作为最高的不证自明的真理，并强调神对人的启示是人获得这个最高真理的唯一方式。因此，科学在近代世界的突飞猛进，对强调神异的基督教无疑造成了极大的挑战。1911年著名的《东方杂志》就刊载中国人摘译西方学者的文章，探讨基督教与科学的关系问题。该文指出，基督教圣经中所记载的种种神迹，在过去长时期内都被人们当作是情理之中的，可是，进入近代的科学世界，人们越来越发现这些神迹与科学是相互冲突的。那么如何看待圣经中的神迹与现代科学之间关系呢？难道现代科学因此根本否定了基督教存在的价值了吗？作者认为并非如此简单。如果我们还坚守着以往“无神异即无基督教”的说法，那确实是使基督教有被科学发展的危机，但是，我们对于基督教的理解不能过于简单化，要知道人类不是一般的动物或机器，人类之不同于动物界，是因为人类有远高过于动物的智力，而这是上天赋予人类的特殊能力。事实上，“人类与上等天使无异，以其不若动物生涯之有限制也。人类设能寿命较长，无一切尘事之桎梏，则必能发布其上等天使之能力。盖此等能力，乃人类所生而即具者也”。“由是可知人之为人，即为一神异或超出常理之事实，而此事实则用科学设定之且证明之者也。”[1]
到了新文化运动时期，陈独秀专门翻译了西方学者赫克尔所著的《世界之谜》中的一些段落，先后刊载在由其主编的《新青年》杂志上，该文凸显了基督教与近世科学发展之间的冲突，并批评罗马天主教不仅不能适应科学发展的要求，甚至猛烈地批评科学，将基督教信仰置于理性之上，“视理性为应盲从信仰之物，以地球上现世之生活，不过想象的来世生活之准备，以此故反对科学之研究，且攻击之”。但他同时强调“吾人贵乎真正之基督教，且欲于此濒于灭亡之宗教中，救出取而加入吾人之一元论的新宗教者，果何在乎？曰，是在伦理的方面及社会的方面，基督教真正光明之方面，若人道、黄金律、宽容、博爱等原理，皆古代文化，非基督教所始唱”。[2]这可以看出陈独秀之所以批判基督教会而积极肯定耶稣的人格精神的一个重要思想来源。