从阳明接下了别人避之唯恐不及的差事，以及看他初至南赣时的作为，即可以证明其心中仍怀抱着经国之志，所以他多方探询南赣地区盗贼丛生的原因，期能提出彻底解决盗贼危害的方略。当然，过去在任巡抚之所以没能有效处理此问题，主要原因在于其权力不足以全面掌握此地区军民百姓，更遑论要一次歼灭盗贼。通过当时兵部尚书王琼的大力协助，阳明得以以“总督”之权，大展其才。不但有效利用与训练当地的保安力量，形成一支有纪律与战力的“乡兵”，以此取代过去仰赖狼兵的做法，并因而取得前所未有的战果。然在军事行动中，湖广兵“军前违期”事件的发生，却让阳明面临“赏罚是否分明”的质疑，此质疑并不仅仅可能来自于旁人，更重要的是其自身的感受，因为这与其一再坚持“申明赏罚”的理念有所违背。且不仅仅此事而已，由于在带兵的过程中，阳明随时随地都在处理“赏罚”的事宜，而这些事宜的赏罚程度小至杖责罚勤，大至杀人砍头，因此如何能够每一次都做出公正合宜的判断，深深困扰着他。此事一直要到阳明平定南赣盗后，才逐渐理出一个头绪。他认为只要凭借着“本心之明”，面对过错的发生，如能当下改正，即不为过，而这就是圣人之所为。而此新体会的内容，即阐述于阳明重新理解《中庸》，因之而作的《修道说》。在此说中，阳明认为“诚”是上天所赋予人身上的，只要能够将此“诚”显露出来，即能与圣人同功。但是阳明此时未有机会阐述如何能够让此“诚”显露出来的工夫论，就发生宸濠之乱。
宸濠之将叛，是当时官员心知肚明的事情，而阳明与王琼方面也早已有所准备，但当事情真正爆发出来之时，却令宸濠与阳明双方都措手不及。然阳明凭借日常的准备与宸濠阵营对情势的错判，逐渐地取得胜利，也使得各地官军不再观望，因此能够于鄱阳湖一战大败宸濠，取得最终胜利。但是这个莫大的功绩也为阳明招致莫大的危难。由于宸濠部署已久，从地方到中央莫不有其党羽，如能掌握宸濠与这些人平日交通的证据，即能通过这个证据来斗争反对派，而这也是“忠泰之变”发生的背景原因。由于阳明过去也曾经遭遇类似的事情，因此非常清楚这个证据的重要性，面对忠泰二人查验文书等要求时，阳明直接上疏朝廷，企图透过朝廷的力量，借力使力，喝阻忠泰二人的企图。但也因此得罪忠泰二人，尔后，各种横逆接踵而至，其结果都可能让阳明毁身灭家。在当时，阳明有各种可能的做法，例如说交出簿籍证据给忠泰二人或是江彬，也许就不会面临如此处境；要不就直接上缴朝廷，置身事外。但阳明最终的选择，却让他处在生死的边缘。处在此恶劣的政治情势下，阳明思考着如何能够动静合宜、举措适当，对于将来的出处问题又该站在什么角度下思考呢？过去被贬谪至龙场时，以“圣人处此，又有何道”的问题自问，如今，阳明又再度面临相同或是更加险峻的情况。同样的问题，恐怕也是阳明于草庵中静坐时，所一再自问的问题吧！在重游化城寺时，阳明忆起其弘治年间所遇老和尚之事，促发其重新思考周濂溪与程明道思想的契机。阳明重新衡定周敦颐的《太极图说》与《通书》，认为周氏所谓“主静”“定之以中正仁义”等说，皆是强调“主其本体”之意，也就是说“中正仁义”是道德的标准，而此标准即是在每一个的心中，即是孟子所言的“良知”。由于此“良知”是每一个人都有的，故如能时时致此“良知”，面对事物之来，不需安排与计算，发挥“本心之明”，予以是是非非，过则改之，与圣人一般，此即是圣人之学。也就是说圣人处此，也不过就是以“良知”为把柄，来因应万事万物之来。当阳明体认到“良知”说后，其最大的改变，不但对于政治上之横逆可以坦然接受，并且适当地处理这些横逆，例如他在面对边军的挑衅时的因应；另外，其人生重心亦从政治转向学术。由于受到周敦颐思想的引道，使得阳明意欲远离政治舞台，专心致力于“圣学”的发扬。也因此，阳明往后的所作所为，大都以如何宣扬其“良知说”为主旨，意欲不论贫富贵贱，每个人都能够是“好人”（圣人），也唯有社会中充满着“好人”（圣人），道德社会的重建才能有实现的可能。