与事功方面相较，钱德洪在学术思想方面的改动较少，主要原因是嘉靖本编撰的原意就是要凸显学术思想，他在序中说道：
吾师阳明先生出，少有志于圣人之学……迩年以来，亟图合并，以宣明师训，渐有合异统同之端，谓非良知昭晰，师言之尚足征乎？《谱》之作，所以征师言耳……然其事则核之奏牍，其文则禀之师言，罔或有所增损。若夫力学之次，立教之方，虽因年不同，其旨则一。洪窃有取而三致意焉。[84]
可以说原先钱德洪编撰之意是以良知之学即为阳明之学，亦即等同于圣人之学的，而这个目的在全书本并未改变，仅仅在个别文字上有些修改，并增加两条按语，而删掉嘉靖本罗洪先原有的按语。文字上的修改可以阳明与湛若水交往事为例（括号内为全书本所删，底线部分为所加），《年谱》弘治十八年条记云：
惟甘泉湛先生若水时为翰林庶吉士，一见定交\[为莫逆\]，共以倡明圣学为事。[85]
很明显，由于湛氏之师为陈献章，亦与阳明同列于从祀名单中，因此加上“倡明圣学为事”，一方面引湛氏门人为同道，不致阻碍阳明从祀，另一方面则标举阳明亦是从事“圣人之学”的。钱氏增加的两条按语，一是：
按：先生立教皆经实践，故所言恳笃若此。自揭良知宗旨后，吾党又觉领悟太易，认虚见为真得，无复向里著己之功矣！故吾党颖悟承速者，往往多无成，甚可忧也。[86]
一方面提醒看《谱》的人说阳明之学是经过实践而来的，非空言立说；另一方面又批评当时有些王门弟子的弊病，将致良知看得太容易。值得注意的是，最后的说法具有“判教”的意味，暗指那些有弊病的王门弟子，实未能领悟阳明之学，亦显示出自己才是真正掌握阳明之学精神的人。第二条是：