近代北京的市政管理机构最早成立于1902年。当年善后营务大臣胡燏芬向清廷奏请在京城设立工巡局，主要职责是修整街道和巡捕事务。后由于内城工巡局办理成绩较好，“既称得力”，清廷命“外城而兼治之”，于1905年8月成立外城工巡局。[75]1905年9月，清廷下谕旨成立巡警部，要求“所有京城内、外工巡局事务均归管理，以专责成”[76]，巡警部是集公安、民政、司法一体的机构，分设五司十六科，其中的警保司下设有卫生科，卫生科职掌为“考核医学堂之设置，医生之考验给凭，并清道、检疫计划及审定一切卫生保健章程”。当年12月，京师内、外工巡局遂撤销，代之以内、外城巡警总厅，分设三处，其中卫生处“掌清道、防疫、检查食物、屠宰、考验医务、药料，并管理卫生警察事”，下设清道股、防疫股、医学股、医务股四股。1906年，“预备立宪”厘定官制时改巡警部为民政部，并扩充职能，卫生升为五司之一，下设保健、检疫和方术科。京师内、外城巡警总厅也随之隶属，但机构作了一些调整。总厅分设四处，其中卫生处掌清道、防疫、检查食物、屠宰、考验医务、药科各事项。[77]
清末北京的卫生行政制度已经初步完备，基本覆盖了公共卫生的主要内容，由于缺乏专业的卫生行政人才，实际的卫生行政工作仍主要限于清洁和防疫。虽然此时的卫生行政依附于警察制度之下，但也曾出现过设立专门的卫生行政机构的努力。1905年9月，巡警部议定由外城入手管理京城警务，并拟照天津的巡警系统办理，由此在外城创建了协巡局。[78]协巡局随后设立了工巡捐局征收妓捐以为日常经费，不久工巡捐局改名为卫生局，“举凡清洁街道、防疫各法及强迫种痘、考验药品、医术无不司之于卫生局”[79]。但主要仿自日本的卫生警政模式在当时得到了更多认可，协巡局又因其外来的特点以及与巡警总厅卫生处并行的现状而难以维持，最终于1909年被裁撤。