对环境与疾疫间的关系，古人很早就有认识，而且形成了专门的理论，即“五方致病论”和“五运六气”致病说。[11]这些理论特别是“五运六气”论配以“五行”学说，多有玄妙之处，不过其核心思想不外乎东、西、南、北、中不同地理环境和四时气候的变化对人体疾病和疫病流行有着重要的影响。环境与疫病之间存在着非常密切的关系，是毋庸置疑的。现代科学已经证明，生态环境影响疫病流行的因素很多，但以气候和地理因素的作用最为突出。[12]具体到江南，当地温暖湿润的气候，总体上也比较有利于众多致病微生物特别是肠道传染病菌的生存繁殖。这种一般性的说明，在众多的医学和传染病学著作中均不难看到，现在需要进一步考察的，是江南的环境以及环境的变化对瘟疫爆发、流行有着怎样的具体影响。
（一）江南的环境与瘟疫
气候的异常往往导致灾荒，因此它与瘟疫的关系十分明显，对此，在灾荒因素中已做分析，于此不论。这里来看看气温异常，但未出现明显水、旱、风、潮、虫、震等灾荒之情况与瘟疫的关系。根据竺可桢先生等人的研究，17世纪20年代至18世纪20年代、19世纪40年代至90年代是清代历史上的两个寒冷期。[13]前一个时期，大致相当于康顺时期，后一个时期与我们所谓的第四个时期有着较大的一致性，从瘟疫统计的情况看，这两个时期的瘟疫发生次数在总体变化序列中没有什么特别之处，也就是说，这两个时期严寒的气候对瘟疫的发生没有直接必然的影响。另外，据对宝山、南汇、高淳、萧山和昌化五县县志“祥异志”的统计，这五县在清代共出现气温异常现象57县次，而只有三县次的瘟疫与此有关，而且还不是单独相关，与此相关的还有其他灾害因素。[14]可见，这两者直接的关系并不明显。