外部关系的错综复杂，使得长江联合阵营内部分歧丛生。表现之一，以上海为基地的唐才常和以汉口为基地的林圭，与孙中山、康有为的关系亲疏有别，前者主持的自立会“全由康派与唐才常相往来、相计划而成立”[1]，后者统率的自立军，则主要因袭兴汉会而来。长江流域计划，原不限于湘鄂，除安庆、芜湖、铜陵外，由于辜人杰移防南京，以及淮阳盐枭徐怀礼来附，唐才常等又将势力扩展到南京、镇江、扬州，甚至一度有借徐怀礼虎威，以虎军为正兵之意。[2]以后才确定由狄平负责下游，唐才常统军汉口。由于徐反复无常，临阵变节，江宁杨金龙等又因刘坤一复出以及清政府改变排外国策而按兵不动，[3]汉口才成为自立会勤王正军。
唐才常名义上是自立军统领，但主要活动于上海，从事联络与筹款，除几次短期赴汉外，一般靠函电遥控。直到起义在即，才于8月9日从上海匆匆赶赴汉口。真正执自立军牛耳者为林圭。[4]他自1899年11月赴湘不果，改到汉口寻求发展，在毕永年、容星桥等协助下，创办“义群公司”，通过兴汉会的关系，与湘鄂会党建立联系。秦力山称：“吾谓庚子长江流域革命运动大舞台为林氏一人所筑，而其他各人无非备数者。”[5]就自立会而论，此言不无道理。可是林圭看来，汉口之谋由“安兄会中峰于东而定议”[6]，视“本公司”与兴汉会如出一脉，行动方略及人事安排，均向孙中山汇报协商。尽管湘鄂会党首领被离间于前，毕永年出家于后，兴中会对这一地区的控制力有所削弱，但兴汉会影响始终保持。而且林圭仍倾向反清革命，每与来访者“纵谈自由平等共和之说，悲满清之暴政，说革命之急潮，其意气甚激昂也”[7]。所以，秦力山后来特意“为林氏呼冤而告我国民曰：林之目的与唐异。唐崇拜康，林崇拜公理。唐为帝党，林为民党。唐主立宪，林主共和。然以唐见信于康，林苟欲以间接见信于康而得其接济，则势不得不枉己以从人。其实林无时无刻不欲出唐之范围外。……唐于会中，几激成内讧，林又起而调和之。”[8]