康、梁等人亡走海外，声称奉诏，鼓动保救光绪，创发报刊，抨击当朝执政，成为西太后及其党羽的心腹之患。从其出亡之日起，清政府就设法予以铲除。开始试图缉拿正法。政变不久，清廷即派荣禄的心腹李盛铎任驻日公使，取代黄遵宪，准备重施驻英公使馆绑架孙中山的故技。从1899年1月起，不断有清廷派遣刺客到日本行刺康有为的消息。据东京警视厅报告，康有为接到友人函告，有沈、陈二人奉清政府之命暗杀康、梁，正在上海与日本人往还，以求交际，将东渡日本。[1]4月，又有以保皇会为目标的刺客抵达日本的消息。[2]其时清廷由刚毅筹划对付康有为，“刘问刍自认能除康，刚极喜之”[3]。7月，清政府派刘学询、庆宽等以考察商务名义赴日，与日本政府暗中交涉“交康”事宜。[4]此举不成，遂改用通缉与暗杀并举之法。
刘学询在日期间，曾与孙中山密谈，其中据说涉及如何对付康有为。此事在刘学询一方，是肩负清政府的使命，在孙中山以及从中撮合的日本人士，则旨在筹集军费。[5]同年10月，康有为接到其母病危的急电，从美洲东归，途中证实事属子虚，担心是清政府的阴谋。[6]恰好《清议报》馆被火焚毁，康有为更加害怕清廷故意制造混乱，以便下手。况且报馆失火事确与清廷有关。其时刚毅南下广东，一面筹集巨款，一面督促杀康事宜。回京之后，“又常常专注拿康，危言耸论，不知又加几许……合肥之商务两广，皆为此事，有此一事，则余事皆不暇矣”[7]。
11月，李鸿章担任商务大臣并奉密旨除康，[8]即任用刘学询，企图利用孙中山诱捕康有为。关于此事，孙中山先期制定了一套办法，但在刘学询函约之后，迟迟没有回复。刘学询鉴于“沪上各报已播传，恐打草惊蛇，蹈上年李盛铎覆辙”，准备“得孙回音，即先赴粤”，要求李鸿章“请奏饬粤暂缓，俟询到商妥再办。”李鸿章认为孙中山不答复表明其“或尚迟疑。粤早奉电旨，难再饬缓。拟赴粤，有何办法？”刘学询答以“法用诱用掳，活上毙次”。行刺之事由港澳之人实施，“候孙来商截南洋之路”[9]，以防康有为闻讯外窜。据说康有为在港期间，“刺客载途，登吾港寓三层楼行刺焉。时门人狄楚卿犹在楼下与唐才常谈也。又开隧道于邻，欲火吾室，幸吾先行而免”[10]。由于在港行动不便，清政府试图通过外交途径使港英当局将康有为驱逐出境，同时“多方布置，静以待动，不惜财力，诱而掳之，务期必获”。李鸿章还指示刘学询：“此事宜细心设计密图，勿过卤莽，防一击不中，口舌更甚。黄金福系刚派密捕者，亦合办为妙。”[11]